分子模拟总结详解.pptVIP

理论背景 理论背景 单点能计算 几何构型优化 # RHF/6-31G(d) Opt Test 对于Gaussian03，默认收敛标准为同时满足四个条件 优化后最终能量的查找方式 频率分析计算 过渡态反应路径 猜测可能的过渡态计算： Opt=(TS, CalcFC,noeigentest) B3LYP/6-31+G* Freq 频率分析，判断是否为过渡态 IRC计算，验证是否为本反应所对应的过渡态 IRC=CalcFC b3lyp/6-31+G* 将IRC向前向后分别获得的分子结构进行极小值优化，获得本过渡态所对应的反应物与产物 opt freq b3lyp/6-31+G* 注意事项： (1) 重点记清楚所学的每个关键词代表的意思 (2) SCF Done的能量代表什么能量？ (3) 频率计算中所给出的零点振动能，零点总能量，热力学总能量，体系的熵，体系的焓等要弄清楚 (4) 特征振动频率分析，及其相对应的位移 (5) 过渡态优化中活化能的计算，画势能曲线！ Spectrum of ?-subunit (PCB) Rps. viridis 分子模拟分子对接 FlexX-Pharm定义的限制药效团模型 ~100, 000 compounds Flex-Pharm/Cscore SPECS database ~210, 000 comp