常用生物学软件介绍.ppt

分子生物学软件介绍 一、实验准备阶段 一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。 较常使用软件：Reference Manager 9.0 Reference Manager 9.0 可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。 资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。 在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。 Reference Manager 9 界面 2. Endnote 3.1.2  是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化. 二、 实验实施阶段 随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括 限制酶分析 引物设计 同源序列比较 质粒作图 结构域(motif)查找 RNA二级结构预测 蛋白二级结构分析 三维结构显示等方面的内容。 1、 综合软件Omiga 2.0 Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。 用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。 查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。 查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。 查寻结果可以以图谱及表格显示，表格设有多种分类显示形式。 另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 Omiga 2.0 ORF Map DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。 包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA、RNA、蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。 在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。 DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测 DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。 DNATools设计的用户友好、强大，快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。 DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。 DNATools 若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。 在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。 这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。 DNATools 为避免丢失数据和你的工作，DNATools包括几个挽救丢失数据的功能：一个5层的撤销/重复功能，重新获得原始序列的恢复功能，项目中加入新文件时的安全备份功能，以及在一定的时间间隔作完全备份或备份你的工作。 2、限制酶切位点分析 DNAssist 1.0 原因是大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点。 DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。 另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。 3、 引物设计 Primer Premier5.0是由加拿大Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。 主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。 Primer Premier5.0 顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。