第6章 转录.ppt

第6章 转录生物信息的传递（上） ——从DNA到RNA 本章内容 6.1 转录的概述 6.2 原核生物的转录 6.3 真核生物的转录 6.4 RNA转录后的加工 6.5 转录的抑制 6.6 RNA的降解 6.1 转录的概述 转录的定义： 是以双链DNA中的一条链为模板，在依赖于DNA的RNA聚合酶催化下，以四种NTP为原料RNA的过程。转录和翻译统称为基因表达。 转录的一般特征 1 转录具有选择性 2 转录的底物是NTP 3 双链DNA分子中只有一条单链为模板 4 RNA合成方向是5’-3’ 5 RNA的碱基顺序是由DNA决定，且依靠NTP与DNA上的碱基配对的亲和力被选择 6 RNA合成不需要引物 7 合成的RNA分子的5’具有三个磷酸 8 转录的起始由DNA分子上的启动子控制。启动子通常都靠近转录起点。 RNA合成与DNA合成异同点 相同点： 1、都以DNA链作为模板 2、合成的方向均为5’→3’ 3、聚合反应均是通过核苷酸之间形成的3’,5’-磷酸 二酯键，使核苷酸链延长。 不同点： 转录的酶学 全名：依赖于DNA的RNA聚合酶（RNA pol） 特点：高度保守，多亚基，需要Mg2+ 催化反应通式： RNA pol 与DNA pol比较 1 RNA pol只有聚合酶的活性，没有外切酶活性，故校对能力。 2 真细菌RNA pol具有解链活性。 3 RNA pol能直接催化RNA的从头合成，不需要引物。 4 RNA pol与进入NTP的2’-OH有多重接触位点 5 RNA pol在转录的起始阶段，DNA分子会形成皱褶，其编码链形成环。 6 转录过程中，转录物不断与模板剥离 7 RNA pol在转录的起始阶段受到多种上调节蛋白的调节 8 RNA pol的底物是NTP，其中UTP代替dTTP 9 RNA pol启动转录需要识别启动子 10 RNA pol反应的速率低，平均只有50nt/s 11 RNA pol催化产生的RNA与DNA形成的杂交双螺旋长度有限，而且存在的时间不长，很快被DNA双螺旋取代。 原核生物RNA pol的结构与功能 1 大肠杆菌的RNA pol 如下页图 2 古细菌的RNA pol 结构与组成上像真核生物的细胞核RNA pol。 大肠杆菌RNA聚合酶的组成分析 ● 真核生物RNA聚合酶 RNA聚合酶与DNA聚合酶的区别 6.2 原核生物的转录转录是由DNA指导的RNA合成的过程，可分为起始、延伸和终止三个阶段。 6.2.1 转录的起始是RNA pol识别启动子并与之结合启动RNA合成的过程。 2)启动子的研究方法EMSA或Gel retardation Mixing a protein extract with a labeled DNA fragment and running the mixture on a native gel will show the presence of DNA-protein complex as retarded bands on the gel. 启动子的研究方法DNase I footprinting Identify the actual region of sequence with which the protein interacts. 典型启动子的结构 -35 -10 转录起点(嘌呤） TTGACA 16-19bp TATAAT 5-9bp ● 原核生物启动子结构 It is necessary to unwind the DNA so that the antisense strand to become accessible for base pairing and RNA synthesis. Negative supercoiling enhances the transcription of many genes, since it facilitates unwinding. Some promoters are not. Abortive initiation The RNA pol. goes through multiple abortive initiations before a successful initiation, which limits the overall rate of transcription The minimum time for promoter clearance is 1-2 seconds (a long