耳叶苔科psbA基因适应性进化检测与分析.docx

耳叶苔科psbA基因适应性进化检测与分析1210055113田益宁摘要： D1蛋白质的编码基因是psbA。D1蛋白是光系统Ⅱ（PSⅡ）的核心亚基之一，参与维持PSⅡ反应中心构象的稳定和电子传递。本文以耳叶苔科植物psbA基因序列作为研究对象，利用分支模型、位点模型、分支位点模型以及FEL模型对psbA基因进行适应性进化分析，分支模型检测到3个可能存在的正选择分支、4个正选择位点以及30个高度保守的位点；因此psbA基因高度保守的特性得到验证。检测可能受到正选择的位点，为D1蛋白的结构和功能研究提供参考信息。基于UCLD分子钟模型估算出耳叶苔科植物最早的分化发生在距今约121百万年前，进入新生代分化速度明显加快，推测与被子植物的兴盛有关。关键词：耳叶苔科；psbA基因；分歧时间；适应性进化；正选择；Detection and analysis of psbA gene Frullaniaceae adaptive evolution1210055113Tian Yi NingAbstract:D1 protein of the encoding gene is psbA. The D1 protein is one of the core subunits of the optical system II (PS II), which is involved in the maintenance of the stability and electron tra- nsfer of the PS II reaction center. In this paper, Frullaniaceae plant psbA gene sequence as the re- search object, using the branch site model, branch site model, and FEL model of psbA gene anal- lysis of adaptive evolution, The branching model was detected in 3 possible positive selection clades, 4 positive selection sites, and 30 highly conserved loci; Thus the highly conserved proper- ties of psbA genes were verified. The detection may be selected by the site, providing a reference for the structure and function of the D1 protein. Based on the model of UCLD molecular clock estimate Frullaniaceae differentiation of the earliest plant occurred in about 121 million years ago, the new generation of differentiation into significantly faster, and that the prosperity of the angiosperms.Key words: Frullaniaceae; psbA gene; Divergence time; Adaptive evolution; Positive selection 叶苔科Jungermaniaceae是苔类中较大科属之一，它建立于叶苔属Jungermannia。从Linne（1753）开始，至近期的K. Mueller（1951—1956）和Schuster（1969）等苔类学家对本科的包括范围有较大的差异。已知本科植物中国有8属82种。云南已知8属69种。耳叶苔科植物15个分类单位。植物体较多为革质或柔薄,颜色为紫色或暗绿色,有时略具光泽。茎不规则分枝,或不规疏羽状分枝,长可达10厘米以上。D1蛋白不但可以与除草剂阿特拉津结合，而且在光抑制的条件下还会快速的更新，同分子量为34ku的D2蛋白质结合成复合物，在光电子的转运中起着重要的作用。植物中含有叶绿素，通过光合作用能高效的吸收、传递和转换光能。PS Ⅱ反应中心是主要集中于内囊体膜垛叠基粒膜区的多亚基色素蛋白复合体，至少含有25种蛋白亚基。色素吸收光能后将一部分将水分子光解为氧和氢； 而另一部分经过电子传递 ,最终使 ADP 与磷酸基( Pi) 结合生成ATP，为植物的生长发育带来直接的能量。光系统 Ⅱ( PS Ⅱ)