外显子组测序信息精读.pptx

外显子组测序在医学研究中的应用 一、外显子组测序技术简介 外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。与全基因组测序相比，外显子组测序不仅费用较低，而且测序覆盖度更深，数据准确性更高。 外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。 二、外显子组测序流程 三、外显子组测序信息分析流程 主要信息分析内容归类 3.1、数据过滤与评估 3.2、整体质量评估 3.3、SNP检测与注释 3.4、InDel检测与注释 3.5、高级分析 3.1、数据过滤与评估 过滤接头。对含接头的reads去除接头序列。 一条reads上N（未能确定出具体的碱基类型）的比例大于5%，则过滤掉该reads。 过滤低质量reads，过滤掉Q3085% reads。 3.1.1、原始数据过滤 3.1.2、测序数据统计与评估 测序质量值分布图 碱基含量分布图 3.2、整体测序质量评估 3.2.1、测序深度统计 注：横坐标代表测序深度，纵坐标代表目标区域上对应深度的碱基数占总碱基数的百分比。目标区域的单碱基分布近似服从泊松分布。 3.2.2、外显子捕获统计 Target region stat X1 X2 X3 X4 Length_of_target_region(Mb)1 118.70 118.70 118.70 118.70 Reads_mapping_ref(single reads)2 182.95 168.48 97.76 96.16 Mapping_datasize(Mb)3 13721 12636 9776 9616 Effective_sequences_on_target(Mb)5 92.05 90.86 66.84 64.37 Average_sequencing_depth_on_target7 47.31 46.75 43.05 41.45 Mismatch_rate_in_target_region8 Mismatch_rate_in_all_effective_sequence9 Base_covered_on_target(Mb)10 6904 6815 6684 6437 Coverage_of_target_region11 Fraction_of_target_covered_with_at_least_20x12 Fraction_of_target_covered_with_at_least_10x13 Fraction_of_target_covered_with_at_least_4x14 当比对到参考基因组目标区域的数据量在60%之上，认为外显子捕获效率合格。 3.2.3、染色体覆盖深度分布 注：横坐标为染色体长度，纵坐标为覆盖深度取对数。 3.3、 SNP检测及注释 3.3.1、 SNP检测 SNP的检测主要使用GATK软件工具包实现。 BMK ID SNP Number Transition Number Transversion Number Ti/Tv Ratio Heterozygosity Number Homozygosity Number X1 985254 669172 316082 2.11 207400 777854 X2 842516 573399 269117 2.13 167179 675337 X3 263326 178220 85106 2.09 26436 236890 X4 289954 196145 93809 2.09 30446 259508 Total 1556901 Type R01 R02 R03 R04 INTERGENIC 449352 380794 113110 125682 INTRAGENIC 3425 2896 892 975 INTRON 401739 343966 111218 121865 UPSTREAM 24452 21350 6105 6521 DOWNSTREAM 95551 83565 27732 30377 UTR_3_PRIME 395 407 112 124 UTR_5_PRIME 2165 1891 776 850 SPLICE_SITE_ACCEPTOR 31 36 14 14 SPLICE_SITE_DONOR 61 54 19 21 CDS NON_SYNONYMOUS_CODING 1971 1899 882 925 NON_SYNONYMOUS_START 2 1 0 0 START_GAINED 378 346 93 100 START_LOST 8 6 3 2 STOP_GAINED 26 24 10 8 STO