建系统发育树步骤.docVIP

建树的步骤 首先把序列存在一个文本文档里（.txt），序列名称前加一个“”，如下图。注意：文件名不要存成汉语的，存成数字或英文。不能放在桌面，可以放在其他盘符下。这里以“111”为例。 用clustalx打开序列文件。 运行clustalx 点击“File”，选择Load Sequences，会弹出查找对话框，选择111所在的路径后打开。如下图 点击Aligment 选择Do Complete Aligment，选择输出文件路径，默认和111文本文档在同一个目录下。 点OK即可 执行完Aligment后，序列被对齐（如果明显没有对齐，说明有反向或者互补序列，用DNAMAN或者DNASTAR进行序列的调整后再进行对齐），并产生两个文件“111.aln”“ 111.dnd”。 关闭clustalx。 运行MEGA 点击File,选择convert to MEGA format， 打开“111.aln” 点OK 出现 拉动滚动条到最后 将#*都删去 然后点工具栏的保存 然后关闭两个窗口 看到MEGA主界面 选择 找到MEGA文件格式文件 111 点打开，出现下图 我们选择第一个核酸序列 点OK 出现下列对话框 是否是蛋白质编码的核酸序列 我们点“NO” 出现 点击关闭，返回主窗口 点击选择bootstrap test of tree 选择我们要建树的类型 以NJ（neighbor-joining）树为例 点可以修改参数，修改好后点compute 计算机会自动测算，生成一个树 如果对树不满意，可以用左侧的工具来修改 点可以保存为MEGA识别的文件，点击可以保存为其他格式。 CC编辑，感谢学姐和同学的帮助，希望可以帮助到更多的人。