藻类基因组学的进展答题.pptVIP

Reading Report 藻类基因组学的研究进展 目录 藻类基因组提取的方法 绿藻基因组的研究进展 红藻基因组的研究进展 褐藻基因组的研究进展 其他藻类基因组的研究 藻类基因组提取的难点 细胞壁厚，粘性多糖、糖蛋白和色素含量高且难以去除 配子体生长速度慢，较难培养 藻类细胞器DNA提取方法不成熟 解决方法 用复合酶去除大部分的糖蛋白和多糖 用幼嫩的藻体代替配子体作为材料 改进超速离心的条件提取基因组DNA 尝试非超速离心提取基因组DNA 藻类基因组DNA提取的方法 先分离细胞器，再分离细胞器DNA 1.1 超速离心分离细胞器，再超速分离DNA 1.2 非超速离心分离细胞器，再分离DNA 2. 总基因组的提取，再分离细胞器DNA 2.1 总DNA提取，超速分离细胞器的DNA 2.2 总DNA提取，层析等方法分离细胞器DNA 超速离心分离细胞器，再分离DNA 非超速离心分离细胞器，再分离DNA STE缓冲液：400mM蔗糖，50mM Tris pH 7.8, 20mM EDTA-Na2, 0.2%牛血清蛋白， 0.2% β-巯基乙醇 ST缓冲液：400mM蔗糖，50mM Tris pH 7.8, 20mM EDTA-Na2, 0.1%牛血清蛋白 TEN缓冲液：100mMTris pH 7.2, 50mM EDTA, 100mM NaCl和0.2% β-巯基乙醇 NETF缓冲液：1.25M NaCl, 50 mM EDTA, 50mM Tris pH8.0, 50mM NaF 总DNA提取的主要方法 方法二 方法三 方法四 方法五 超离分离细胞器DNA 氯化铯-溴化乙锭连续梯度法纯化DNA 氯化铯-溴化乙锭不连续梯度法纯化DNA Hoechst 33258 氯化铯连续梯度法纯化DNA 结构比较和功能基因组的研究 概念和名称的缩写 IR: Inverted region ML: Maximum likelihood MP: Maximum parsimony ORF: Open reading frame SDR: Short dispersed repeat LSU: Large single copy region SSU: Small single copy region 研究的方法和项目 Expansion of Coding Regions Gene and intron contents Genome structure Repeated elements Gene partitioning Gene clustering General features 绿藻cp基因组的研究进展 石莼纲:Oltmannsiellopsis viridis 石莼纲:Pseudendoclonium akinetum 绿色鞭毛藻纲:Nephroselmis olivacea Trebouxiophyceae: Chlorella vulgaris 绿藻纲:Chlamydomonas reinhardtii 四个绿藻纲的cp DNA的结构和比较基因组的研究 Oltmannsiellopsis cp DNA 绿藻门分为四纲：绿色鞭毛藻纲，石莼纲、绿藻纲和Trebouxiophyceae。 除了绿色鞭毛藻纲，其他三个纲的分类顺序还有很大的争议。四个纲的代表种全长cpDNA序列分析表明它们在整体结构，基因含量，内含子成分和基因顺序上都有很大的差别 Oltmannsiellopsis和Pseudendoclonium 的cpDNA在四分结构，基因含量和基因密度上有很大的相似性。比较分析表明：石莼纲和绿藻纲有极大的相似性。 Nephroselmis cp DNA ycfI和ftsI是cp DNA以前未曾报道的基因 ftsW, rnE, ycf62, rnpB, 和 trnS(cga)只存在于非绿藻基因 另有10个基因只存在于陆地植物叶绿体中 比较分析表明：陆地植物的四分结构和基因分隔可能源于藻类的远古特征 Chlorella vulgaris tRNALeu(GAG) 未曾在陆地植物cp DNA发现 69个编码蛋白基因和8个开放阅读框存在于陆地植物也存在于C.vulgaris 编码核糖蛋白L5, L12, L19, S9 和延长因子EF-Tu，未在陆地植物cp DNA中发现 许多红藻和褐藻的cp 基因未在C.vulgaris 发现 与红藻和褐藻相比，C.vulgaris和陆地植物更具有亲缘性 Staurastrum 和 Zygnema cpDNA结构和比较基因组的研究 Staurastrum和Zygnema cpDNAs分别编码121和125个基因，缺乏rRNA编码的