植物分子系统学讲解.ppt

2．叶绿体DNA资料与植物系统学 TrnT-trnL间区 编码转运RNA的trnT和trnL基因间有一较长的基因间区(一般在600-1400bp之间)。资料显示，这一间区在cpDNA中属于分子进化速率较快的非编码区序列。Small等人(1998)在对叶绿体中的几个非编码区(包括trnT-trnL间区)和核ITS序列、Adh基因的核苷酸替代速率进行比较时发现，包括trnT-trnL间区在内的3个基因间区在PCR扩增中或不能产生足够的测序模板或已知的扩增引物不适于测序，虽然他们用克隆的方法克服了上述问题，但大大增加了实验的工作量和复杂性，这也许也是trnT-trnL间区虽然有较大的变异(在trnT-trnF区段中变异最大)和应用潜力却很少被用于系统学研究中的原因之一。 3．线粒体DNA资料与植物系统学 （1）mtDNA和cpDNA相似，为闭环双链DNA，大小约200-2000kb，但不同类群间大小差异很大，大多数被子植物为300-600kb。 （2）在mtDNA中存在许多外源序列，如，已知的mtDNA中均存在着约12kb的cpDNA序列，这些外源序列一般是无功能的假基因。 （3）在已知的植物mtDNA中都存在大的反向重复序列，其长度为1-14kb，不同类群间变化很大。 （4）由于重组、重排、重复和丢失现象十分普遍，导致结构和基因次序变化多样。 （5）在线粒体中同时存在有许多环状或线状的小质粒（1-11kb），它们的来源和功能尚不清楚。 （6） mtDNA中有大量的短（约50-1000bp）而分散的重复序列散布于整个mtDNA中。 （7） mtDNA的重排现象非常普遍，在已研究过的植物mtDNA中，基因排列都不同，甚至在亲缘关系很近的类群中仍然存在一个或多个大的倒位。 （8）单个基因核苷酸序列非常保守，单个基因核苷酸置换率非常低(约为cpDNA的1/3-1/4，核基因组的1/12)。 由于植物组织中mtDNA拷贝数低，难于提取和纯化，因此一般很少用于系统发育分析，估计在解释植物系统发育的深层分枝时会起作用。 3.1 线粒体DNA的结构特点 3．线粒体DNA资料与植物系统学 3.2 mtDNA在植物系统学的应用 由于植物mtDNA重排率高而突变率低，拷贝数低，难于提取和纯化，限制了其在植物系统学上的应用。利用限制性酶切式样可以分析其在低级分类群上的变异，利用其基因的低突变率可以研究高等级分类群之间的进化。 随着对许多植物全基因组测序的完成，人们对被子植物线粒体基因组的认识也在增加，正如Olmstead和Palmer(1994)所预测，植物线粒体基因组因具有已知任何主要真核基因组中最低的同义置换率，已被发展用于研究陆生植物早期分化问题。 现用于这一研究领域及比较系统发育分析的线粒体基因主要有：19S rDNA、cox3、nad5和matR基因。 三、植物系统学常用的DNA分析技术 DNA/DNA杂交 RFLP分析 DNA的限制酶谱分析 核苷酸序列分析 PCR技术 DNA指纹技术 RAPD分析 DNA／DNA 杂交(DNA／DNA hybridization)是指在退火条件下，不同来源的互补DNA单链互相配对形成DNA双链的过程。 DNA杂交按其作用的环境可分为液体内分子杂交(液相杂交)和固体表面上进行杂交(固相杂交)两种基本类型。液相杂交有羟磷灰石法、核酸酶S1分析及复性动力学分析法。 在植物系统学中多用复性动力学分析法，其基本原理是将不同来源的DNA溶液加热使之变性，形成单链DNA，然后冷却复性，若异源DNA之间具有相同序列区域，则复性时就会形成杂交DNA分子。因为DNA分子的热稳定性是两条子链碱基顺序互补性的函数，两条子链的配对程度越高，其热稳定性越强，反之，热稳定性就弱。与同源DNA分子相比，杂交DNA分子的热稳定性较弱，其熔解温度(Tm值)低于同源DNA分子。这样，通过测定同源DNA分子和杂交DNA分子的熔解温度，就可推测所比较的分类群DNA之间相同序列区域所占比例，进而判断出它们亲缘关系的远近。 DNA/DNA杂交 例1. Bendich等(1987)研究了黑麦属(Secale)、小麦属(Triticum)和大麦属(Hordeum)的DNA重复顺序部分，揭示出黑麦属与小麦属亲缘关系较近而与大麦属亲缘关系较远。 例2. Goldberg等(1993)研究了南瓜属(Cucurbita)13个物种间的系统演化关系。 例3. Belford等(1995)则对滨藜属(Atripiex)8种植物的DNA单一拷贝顺序进行了研究，不仅为该属属下分类提供了有力的证据，而