《现代生物物理学-黎明》lesson7_2015.pptVIP

Lesson 7 一，DNA Melting DNA双链靠弱键（氢键、碱基对堆积等）维系在一起，容易受环境因素影响（如升温、pH值改变）而解离成为单链 DNA随温度升高而解离的现象称为Melting，其典型特征如下： 1，用二态模型粗略描述DNA Melting 假设melting主要由碱基对之间氢键断裂所致，则melting特征应该取决于两种碱基对（GC、AT）melting的自由能。对纯poly-G或poly-A序列，实验上已测得其转变焓的值，相应的自由能数值可由Marmur-Doty公式进行粗略估算。如下 然而，二态模型过于简单，无法给出熔解曲线的定性特征（S型曲线）！ 对实验测得的melting curve取微分得到更精细的曲线，展示出DNA melting过程中更多与序列相关的细节。从图中可看出，DNA melting的特征并不单单取决于总的GC含量，还与DNA序列的非均匀性高度相关。整个分子的melting实际上是各局部区域相继melting的过程。[到底与何种序列特征相关？] 最近邻碱基对之间的相互作用（而不是单碱基对的氢键能）可能是决定DNA melting特征的最关键因素。事实上，使用1D-cooperative Ising Model的确能够非常精确地、并且统一地刻画不同序列DNA的melting特征。右图是10种碱基堆积相应的转变温度和转变焓。练习：利用该