计算生物学重点含答案doc2.doc

名词解释(共21分，每小题3分)： Motif 部分酶切贪婪算法是指在对问题求解时，总是做出在当前看来是最好的选择。也就是说，不从整体最优上加以考虑，他所做出的仅是在某种意义上的局部最优解。 无根树 汉明距离 有向无圈图 Open reading frame:是以起始密码子开始，在三联体读框的倍数后出现终止密码子之间的一段序列 Intron在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列 Exon真核生物基因的一部分，它在剪接 (Slicing)后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。 限制性酶切图谱使用限制性内切酶进行酶切，比如HindⅢ，电泳之后所得就是限制性酶切图谱 穷举搜索算法 大O记号 缺口罚分联配 有根树 反序排序法 选择题（共20分，每小题2分）；填空题（共14分，每空1分） 矩阵和数组的加、减、乘、除； 矩阵中元素的引用， 绘制不同图形使用的函数， 什么是for, while循环等等。 给定序列t条，如何计算剖面矩阵得分，汉明距离。 什么是反序排序 断点 若ρ＝8为引入缺口罚分，σ＝2为缺口中每个字符的罚分，则序列中5个连续的单字符缺口罚分之和为 。ρ-xσ) 蛋白质序列比较的常用得分矩阵有 和 。 菲波那契问题中第8个菲波那契数F(8)是 。 计算题（共30分，每小题10分）；论述题（共15分） 1．考虑部分酶切，，以下为已知的任意两个酶切位点之间片段的长度集合 L＝{1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 7, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12} 求解L的部分酶切问题（即寻找△X＝L的X），即酶切图谱上所有酶切位点的位置的集合，包括开始和结束。 2．v = TACGGGTGA和w=3．现有两条序列v = 和w=假设匹配奖励为+1,错配罚分为－2和插缺罚分均为－1.填写序列v和w之间的局部联配的动态规划表。 5.利用反序设计一个排序基因组的近似算法（即将它变换成恒等排列）（书写伪代码），并估计该算法的性能保证。 6.对于发现基序和寻找中间字符串问题，穷举搜索法/分支定界法/贪婪算法/动态规划法需要运行的时间（即算法复杂度）分别是多少？各方法的优缺点是？