实验四多序列比对.docVIP

实验四.多序列比对 一.实验目的： 在多序列分析中，多序列比对具有广泛的应用，是许多其他分析的基础和前提，比如进化发生分析、构建位置特异性打分矩阵、找到一致序列等，本实验的目的是熟悉多序列比对相关的操作和编辑方法。 二.实验基本要求： 了解和熟悉多序列比对的原理和基本方法。 三．实验内容提要： 使用CLUSTALW 算法，比对一组蛋白质序列，该序列属于RAD51‐RECA，在DNA 的复制阶段起重要作用，这些序列可以从NCBI genbank、Uniprot 等序列服务器获取，序列的索引号码为：P25454，P25453，P0A7G6，P48295。将这些序列保存在一个文本文件。如果查询到的序列不止一个的话，选择第一个。 练习使用EBI CLUSTALW（http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）； b. 将序列数据拷贝复制到窗口中； c. 采用默认参数进行比对； 回答：clustalw 算法的基本原理？ 2. 在BAliBASE 网站查找一组蛋白质：1csy。这些蛋白质的一致性为20‐40%， 属于BAliBASE 参考序列1。正确的比对结果网址如下： http://bips.u‐strasbg.fr/en/Products/Databases/BAliBASE/ref1/test1/1csy_ref1.html 这一序列名称分别为p43