酶与蛋白质工程第6章结构生物技术与药物设计技术总结.pptVIP

第六讲 结构生物学与药物设计 结构生物学（structural biology） 结构生物学是主要通过物理学等技术，研究生物大分子的空间结构及其运动，并以此阐明生物大分子相互作用机制的科学 分子生物学和生物物理学的重要组成部分，仅在蛋白质晶体学领域中就有十几位科学家先后获得诺贝尔奖 生物大分子三级结构的测定，主要是通过X-射线晶体衍射、蛋白质晶体学、多维核磁共振、电镜晶体学和电镜三维重组等技术 X-射线 X-射线衍射 X-射线衍射原理 早期的晶体结构测定 DNA的X-射线衍射图 X-射线衍射仪 X-射线晶体衍射优点 分辨率高，可以分辨到一个原子水平 不是所有的生物大分子都能够获得晶体 很难捕捉分子的功能状态 多维核磁共振 多维核磁共振 高分辨率，仅次于X-射线晶体学技术 可以在溶液中操作，接近生理状态 样品的分子量要求比较小 不溶的蛋白测定比较困难 冷冻电子显微镜 直接观察生物大分子 可以捕捉到活化的过渡状态 低分辨率，最高只达到3埃米 多种结构生物技术的结合 X-射线晶体学、核磁共振衍射可以对单个组分进行解析, 冷冻电子显微镜可以得到复杂分子、超分子体系的结构 X-射线晶体学、核磁共振衍射能看到分子，但只能在体外观察, 通过冷冻电子显微镜可以对体内状态直接观察 把低分辨率电子显微学重建的结构，与通过X-射线晶体学和核磁共振技术得到的单个组分的高分辨率结构结合起来，就有可能得到高分辨率的复合体结构 结构基因组学 在生物体整体水平上测定出全部蛋白质分子、蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-多糖、蛋白质-蛋白质-核酸-多糖、蛋白质与其他生物分子复合体的精细三维结构，以获得一幅完整的、能够在细胞中定位，包括各种生物学代谢途径、生理途径、信号传导途径中全部蛋白质的原子水平三维结构全息图 结构基因组计划 1998年4月，美国国家医学科学院发起召开第一次国际结构基因组会议 2000年9月，美国结构基因组计划启动 2000年11月，日本组织召开国际会议讨论结构基因组计划的有关问题，确定了完成测定3000个蛋白质三维结构的“Protein3000计划” 2001年4月份，中国加入了第二次国际结构基因组学会议 结构基因组计划 主要内容： 规模化进行基因克隆、表达、蛋白质分离纯化及蛋白质三维结构测定分析 发展新的结构基因组研究方法 药物研究新模式  基于结构的药物设计 间接药物设计 小分子化合物的结构和生物活性研究其结构-活性关系 2D-QSAR 3D-QSAR 定量构效关系 直接药物设计 全新药物设计 碎片连接法 在“结合口袋”中各相应位点放置若干与靶标分子匹配的基团 或原子，再用合适的连接片段连接成一个完整的分子 碎片生长法 从靶标分子“结合口袋”的一端开始，每次选择最优结果，逐渐延伸药物分子 分子对接 先建立大量化合物三维结构组成的数据库，然后将库中分子与靶标生物大分子逐一对接 基于分子对接的虚拟筛选流程 SARS冠状病毒蛋白水解酶抑制剂的设计 药物分子设计 Molecular drug design * 结构生物学 伦琴 伦琴妻子之手 结构生物学 结构生物学的发展始于1895年伦琴对X-射线的发现 X-射线是由于原子中内层电子跃迁所发出的辐射 结构生物学 晶体是原子（离子）的有规则的三维排列, 就像是一块天然光栅那样，因而只要X射线的波长和晶体中原子（离子）的间距具有相同的数量级，那么当用X射线照射晶体时就能观察到衍射现象而推测晶体的结构 结构生物学 结构生物学 结构生物学 1912年劳厄发现晶体的晶格恰好是X-射线波长的变体，可以作为光栅，能够产生衍射，为晶体结构掀起了一个新的纪元 上世纪五十年代Waston 和Crick 通过研究 DNA结构，建立了DNA的双螺旋模型，为结构生物学的发展拉开了帷幕 结构生物学 结构生物学 结构生物学 1924年，奥地利物理学家泡里就提出了某些核可以自旋，这种运动必然产生角动量和磁偶极矩 有磁矩的原子核，在静磁场中由于磁矩和磁场相互作用形成一组分裂的能级，在合适频率的射频作用下，能级间发生跃迁而出现的共振现象 结构生物学 结构生物学 结构生物学 三种主要技术结合，有利于解析复杂体系结构 结构生物学 结构生物学 结构生物学 传统研究方法中，新药的发现主要有： （1）临床发现，即在临床治疗中依靠经验积累发现新药； （2）合成化合物筛选，即通过经典的筛选，主要采用药理学实验方法，从整体动物、器官和组织水平，对合成化合物活性进行筛选而获得具有生物活性的先导化合物 因而，传统新药设计研发 筛选量大（平均1.5-2万种化合物） 周期长（10-12年） 耗资