真核生物基因结构的预测分析.ppt

真核生物基因结构的预测分析 课堂练习 1使用GENESCAN预测序列中可能的ORF。 2使用GENOMESCAN预测序列中可能的ORF。 练习用的序列文件在c:\zcni\shixi2文件下，名字为clone.fasta，使用写字板打开查看。 启动子预测：PromoterScan 转录起始位点数据库数据库：DBTSS DBTSS搜索工具条 DBTSS搜索结果 FXYD5基因的启动子区域显示 ALB基因的启动子区域显示 下载启动子序列 课堂练习 1 使用PromoterScan 预测clone.fasta里面的潜在外显子。 2 利用DBTSS数据库搜索基因的转录起始位点和可能的上游调控序列。 转录终止信号polyA预测：POLYAH 课堂练习 使用CpG plot预测clone.fasta中的CpG岛。 使用POLYAH预测clone.fasta中的POLYA剪切位点。 Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 GENSCAN与Spidey结果比较 课堂练习 练习两种预测剪切位点的软件的使用，NetGene2和Spidey。 Spidey的同源序列文件保存在c:\zcni\shixi2文件下，名字为Spidey.txt，使用写字板打开查看。 选择性剪接的类型 选择性剪切查询：ASTD数据库 ASTD数据库检索结果：基因描述信息 ASTD数据库检索结果：选择性剪切的mRNA ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性 Thanks! /berry.phtml?topic polyahgroup programssubgroup promoter 提交序列文件 提交序列 polyA位置 GENESCAN预测结果 PolyA位点52398bp POLYAH输出结果 内含子/外显子剪切位点识别 如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ 通过对特征序列 GT-AG 的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2） 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey） 剪切位点识别：NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 mRNA剪切位点识别：Spidey NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey BLAST比对到的三条mRNA序列 Spidey序列提交页面 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 可能的选择性剪切体 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 选择性剪切的五种类型: 内含子保留. 5‘端选择性剪切位点. 3’端选择性剪切位点. 外显子遗漏. 互斥外显子. 查询选择性剪切相关的网站 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 综合 http://splicenest.molgen.mpg.de/ 综合 /new_alt_exon_db2/ 综合 .tw/ .au/altExtron 人 /~kent/intronerator/altsplice.html 线虫 /tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml 拟南芥 从已知基因的功能推测剪切机制 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 输入基因名称 选择物种类型 导出序列文件 实习一 基因组数据注释和功能分析 实习二 真核生物基因结构的预测分析 实习三 芯片的基本数据处理和分析 实习四 蛋白质结构与功能分析 实习五 蛋白质组学数据分析 实习六 系统生物学软件实习 课程内容 基因组学 转录物组学 蛋白质组学 系统生物学 基因组序列cDNA序列 编码区预测 Codon bias GC Content 限制性酶切位点 基因结构分析 选择性剪切 转录调控因子 序列比对 功能注释 KEGG GO 系统发育树 蛋白质序列 翻译 蛋白质理化性质 二级结