生物信息学PCR引物设计.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 查看DNAMAN的结果 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 发现前面Blast比对的第一条结果就是原序列 * * * * * * 3、进入blastn界面 GCCAGTTCTGATATTTACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGAAATCCAGTACGCTTC （1）输入上下游引物序列，都从5→3，中间用20个以上的N隔开 Others （2）在Database选中Others数据库 Somewhat similar sequences Show results in a new window打钩 Algorithm parameters Expect threshold Word size Expect值越高，匹配到的结果序列越多 Word-size，字长。 BLAST 的字长缺省值为 11，即 BLASTN 将扫描数据库，直到发 现那些与未知序列的 11 个连续碱基完全匹配的11 个连续碱基长度片段为止。降低字长能增加搜索到的结果。