通过比较分析叶体和光合细菌之间的代谢网络来探索光合作用演化.doc

通过比较分析叶绿体和光合细菌之间的代谢网络探索光合作用演化Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae的酶的完整清单见附件1.尽管叶绿体网络中的化合物和反应的数目少于光合细菌，但它们的化合物节点的平均连接度还是很相似的（表1）。 另外，叶绿体和蓝细菌的化合物连接度分布服从幂率分布（见附件2）。酶和化合物节点的平均聚集系数，平均路径长度以及直径证实代谢网络是使用超图模式的无尺度和小世界网络。从表1得出所有的光合细菌的拓扑属性是相似的，尽管叶绿体显示了不同。尽管在超图中叶绿体网络有更少的化合物节点和超边，但酶和化合物节点的平均路径长度以及直径要比光合细菌的更长。叶绿体的酶和化合物节点的平均聚集系数要更低，说明叶绿体的整体网络结构更松散。我们进行了叶绿体和蓝细菌的酶网络密度的深度比较，通过使用pajek来分析的核。网络的K核可定义为给定网络的子网，其中相同核中每个点至少有K个邻居。对于叶绿体和SYW，最大的核分别有32和37个酶，其中两个核共享24个酶。 叶绿体的网络围绕卡尔文循环高度聚类 对于子网，它包括直接连接至卡尔文循环的反应，平均聚集系数要比整个网络更高，但平均路径长度更短，表明叶绿体和光合细菌的子网的反应间有更紧的连接（见附件3）尽管相对于光合细菌，叶绿体的整体网络显示更低的平均聚集系数和更长的平均路径长度，但是子网与整个网络的平均聚集系数比是高于光合细菌的。叶绿体的子网与整个网络的平均路径长度比低于光合细菌（图1），表明叶绿体网络围绕卡尔文循环有更高的聚类。 而且当我们对网络的不同化合物的连接度进行排列时，发现了一个有趣现象。我们取整个网络的前十个连接的化合物（HUB），然后检查它们在子网中的等级。有趣的是发现谷氨酸盐L-Glutamate 1-carboxy-lyase(EC 4.1.1.19)所催化的反应L-Glutamate = 4-Aminobu- tanoate + CO2 ，它在叶绿体中缺失。这一发现表明氮吸收并不直接链接至叶绿体的carbon fixation，而链接至蓝细菌。 模拟不完整数据对代谢网络的拓扑属性的模块可能存在的影响 本研究收集的大部分数据来源于基因组注释，它可能是不完整的。为了评估这些不完整数据的影响，我们用研究透彻的并且最完整的大肠杆菌设计了一个实验。首先，整个网络的拓扑属性用超图模式来计算。然后，部分酶和反应被随机从网络中移除，且网络属性被再次计算。随机移除节点后的结果用于模拟不完整代谢信息对整个网络的影响。 表2显示当35%的酶被移除后，代谢网络的拓扑属性几乎不受影响。即使移除50%的酶，拓扑参数和完整网络比仅有低于5%的变化。网络直径在原来的网络之上增加了8.33%，这表示显著的变化参数，但这个值还是远远低于叶绿体与蓝细菌之间的网络参数的不同，表明两个网络拓扑的差异不太可能是由不完整数据库导致的。这个结果强有力的证实了我们把叶绿体与蓝细菌进行比较的意义，并支持以下结论，即叶绿体总体松散，但有坚固的以卡尔文循环为中心的网络结构。 叶绿体网络比光合细菌显示更好的模块结构 在研究一个复杂网络的总体属性后很自然的一步就是调查网络内的子结构以及子结构的可能的功能。分解一个复杂网络的方法是基于节点间的连接性来寻找网络内的模块。在本研究中，我们把模块看成是子网络，模块中的节点高度连接，而模块间连接有更少的连接。 有很多方法可用来寻找代谢网络的模块化，如基元模式，极端途径，通量分析，和图形聚类技术，如MCL,ICC,GMC。我们通过比较采纳了Guimerà and Amaral的方法来识别叶绿体与光合细菌的代谢网络的模块（详细描述见方法部分）。这个方法被称作寻找模块化的模拟退火算法。 不同生物的模块结构不同。叶绿体，光合细菌，大肠杆菌，Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae间的总的模块结构的相似度已被计算，如图2的dendrogram显示（衡量模块的相似性的更详细的描述见方法部分）。引人注目的是，所有的蓝细菌显示非常相似的模块结构，但不同于叶绿体。Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae由于更高的相似模块结构被聚类到一起。这个结论与表1的拓扑结果相一致，即叶绿体的代谢网络显示不同的属性。 把模块对应到特定的代谢可显示模块可能的生物意义。叶绿体与光合细菌的模块中的每个酶的功能可以使用KEGG中出的分类机制分类，共包括9个类别：碳水化合物代谢、能量代谢、脂代谢、核苷酸代谢、氨基酸代谢、多糖合成与代谢、辅助因子与维生素代谢、次级代谢物的生物合成以及异源物质的生物降解。根据Guimerà and Amar的理论，我们把模块对应到KEGG的功能