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Tassel主要是研究基因型与表现型之间的关系有多种功能包括关联分析评估进化关系主成分分析聚类分析推断缺失数据数据的可视化 安装下载Java Runtime Environment并安装 2、下载tassel_standalone.zip并解压 3、 双击解压后文件里的jar文件(sTASSEL.jar)，或者打开cmd命令窗口输入命令java -Xms256M –Xmx768M –jar sTASSEL.jar（要指定sTASSEL.jar文件路径即可使用 使用： data菜单栏里面的常用功能介绍 Load（下面介绍常见的几种格式） Hapmap 是一种储存序列数据的格式 Plink 数据储存在两个文件中（以.map和.ped结尾的文件中） .ped：包含所有的SNP 值和六列(Family ID, Individual ID, Paternal ID, Maternal ID, Sex and Phenotype ) .map：每行都表示一个SNP 的信息（四列：Chromosome, rs#, Genetic distance and Position） Flapjack 数据储存在两个文件中（以.map和.geno结尾的文件中） .geno：第一行的第一列是空的，后面的列是 SNP ID，从第二行起的第一列都为种系名字 .map：每行都表示一个SNP