基因组学前沿-课程进度计划表-2015年春-方向东等.docVIP

功能基因组学 Functional Genomics 3/11-5/20/2015星期三下午5-8节，13:30-17:00，玉泉路研究生院阶二1教室 助教-张静 zhangjing3729@163.com 科研秘书-张倩 1座机电话号码26 课程编号：51333Y 授课对象: 本系列讲座可作为生物学、医学等学科研究生的专业课，也可作为计算机、数学、物理等学科研究生的选修课。 教学目的和要求： 本课程将重点讲授有关功能基因组学和生物技术的最新研究进展和前沿动向，目的是使学生广泛地了解相关领域的基础理论和实验技术的研究现状和发展趋势，要求学生积极培养科学理性的思维方式、努力掌握系统深入的专业知识，为以后具备独立从事教学或科学研究工作的能力；以及拓展课内外、校内外、国内外各种学术交流打下坚实基础。 内容提要： 授课教师：王前飞（中国科学院北京基因组研究所） 4学时 3/11/2015 授课内容：基因表达的转录调控 细胞内基因的精确表达取决于DNA调控元件（如启动子和增强子），序列特异性转录因子，以及染色质修饰等各种因素的综合作用。基因表达紊乱会导致基因功能的失调并扰乱正常信号传导通路，而这些改变都会促进疾病如白血病的形成。各种白血病亚型有各自特定的基因表达谱，深入研究这些基因谱的组成和相关功能有助于进一步了解疾病的发生发展机制。而通过遗传学和表观遗传学的调控所致基因异常表达被认为是白血病形成的一种可能机制。本讲座内容包括：1. 运用比较基因组学和功能基因组学的策略系统研究基因表达的调控；2. 正常血细胞发育和白血病的转录调控网络研究进展。 授课教师： 陈非（中国科学院北京基因组研究所） 4学时 3/18/2015 授课内容：三代测序技术在微生物组学研究中的应用 三代单分子测序概念一经提出，即在全球范围内引起了巨大反响，被誉为“未来测序应用的基准线”。三代测序技术读长长，无需PCR扩增，无GC偏向，成功解决了二代测序技术读长短、无法很好拼接GC异常和高重复区域等诸多问题。此外，由于三代测序技术利用DNA聚合酶的动力学特征，可以直接区分不同类型的碱基修饰，这为目前不断升温的核酸表观修饰研究增添了新的工具。尽管三代测序有以上诸多优点，但其较高的测序成本使得其仍不能取代二代测序技术而成为主流高通量测序技术。微生物的基因组较小，一般不超过10M，十分适合使用三代测序技术。事实也是如此，目前有关三代测序的近百篇文章绝大多数是针对微生物的。有鉴于此，本课程将主要介绍近年来三代测序技术在微生物组学方面的研究进展，也将介绍其在涉及核酸修饰的表观基因组学领域的应用及巨大潜力。 授课教师：方向东（中国科学院北京基因组研究所） 12学时 3/25, 4/1, 4/8/2015 授课内容：表观遗传学技术与应用 真核生物基因表达是一个高度复杂精确调控的过程是遗传调控和表观遗传调控作用的结果近几年由于它的普遍性、复杂性和重要性，使之成为目前各种生物体功能与发育研究的热门对象，特别是 microRNA在癌症的发生、发展中起着极为关键的作用。DnaE2酶探讨细菌陆生化的演化过程。 授课教师： 赵方庆（中国科学院北京生命科学研究院） 4学时 4/29/2015授课内容：元基因组学 元基因组学是一门直接从环境中获取遗传物质从而研究环境微生物组成和功能的学科。讲课内容主要介绍元基因组学的产生及发展历史，以及高通量测序技术在元基因组研究中的应用。重点关注元基因组学研究面临的各项实验和计算挑战，以及最新的研究进展。 授课教师：雷红星（中国科学院北京基因组研究所） 4学时 5/6/2015 授课内容：神经系统疾病的系统生物学研究 神经系统疾病是一大类严重疾病, 病理取样的困难导致这类疾病的研究难度很大。本课程将介绍近年来国际上在神经系统疾病的研究进展, 重点介绍系统生物学方面的研究。基因组方面的研究包括GWAS 全基因组关联研究 和全基因组外显子组测序研究等；转录组方面主要包括脑组织和外周血转录组的研究；表观遗传方面主要包括DNA甲基化和miRNA等研究；另外, 我们还将了解这类疾病的临床诊断和药物发现方面的研究进展。 授课教师：肖景发（中国科学院北京基因组研究所） 4学时 5/13/2015 授课内容：基因组学和药物发现 主要介绍当前基因组学的研究进展对药物分子设计的重要影响，包括药物分子设计的流程介绍，以及基因组学和生物信息学在药物分子设计中的应用。并把药物设计的三个不同的时期进行对比，揭示现在基因组学发展对药物发现带来革新，并介绍药物基因组学的研究进展，药物基因组学的最终目标是实现个体化医疗。 教学方式： 每位主讲人负责一个专题，大班课堂授课，每次授课时间为下午半天、4学时。 参考书籍： [美] David Snowdon著；李淑珺