多样的RNA-seq数据分析的可用方法概述.docxVIP

SCIENCE CHINA Life SciencesDecember 2011??Vol.54??No.12: 1121–1128 doi: 10.1007/s11427-011-4255-x?Overview of available methods for diverse RNA-Seq data analysesCHEN Geng , WANG Charles SHI TieLiu?这是发在《中国科学*生命科学辑(英文版)》的一篇综述文章。摘要比较简练：“RNA-seq技术正广泛用于各种转录组研究；然而，分析和解释RNA-seq数据面临着严峻挑战。随着高通量测序技术的发展，测序成本随着测序通量急剧增加而大幅度下降。但是测序reads仍然长度很短并包含着各种测序错误。同时，错综复杂的转录组总是比我们预期的更复杂。这些挑战都急需有效地生物信息学算法来高效处理大量转录组测序数据和进行相关研究。本文概述了一些转录组测序的常规应用及其相关分析策略，包括短reads映射，外显子剪接位点检测，基因或亚型表达定量，差异表达分析和转录组重构。”?开头是一些常见的背景介绍：“RNA-seq是转录组研究的一种强有力的技术。它使我们能研究在不同组织不同阶段以及不同条件下生物体的基因活性。相比于微阵列技术，RNA-seq能捕获理论上一个细胞的快照中几乎所有表达的转录本，而微阵列依赖于先验信息、