系统进化树的构建解析.ppt

实例讲解 根据Mega的计算最终我们得到了序列中的进化关系。 如果结点的Bootstrap Value 70我们认为这个分支是可靠的 BANNAch BJ9575 YN6 YN0556 LN0684 LN0688 LN0689 JKT6969 JKT6423 JKT7043 LNVNE9712 94 100 81 100 88 99 68 100 0.05 优化图标 优化选项栏 * 树的构建涉及到复杂的数理计算过程。并且DNA序列和氨基酸序列数目又是非常庞大的。因此，简单的通过人工手动计算显然是不现实的。因此，计算生物学家基于进化树构建的基本原理开发了一系列的生物信息学软件用于进行生物进化分析具体来讲就是系统进化树的构建。 系统进化树的构建 制作：刘玉咏 2013-12-25 分子系统发育分析 系统发育分析研究是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的进化关系。并用系统进化树，即一种类似树枝状的图形来概括生物间的这种亲缘关系。 分子系统发育分析 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接 分子系统发育的核心为构建系统发育进化树 人 猩猩 狒狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 系统进化树 系统发育进化树示例 进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。 根：所有分类的共同祖先。 结点：表示一个分类单元。 进化支：两种以上生物（DNA序列）及 其祖先组成的树枝。 进化分支长度： 用数值表示的进化枝的变化程度（遗 传距离） 距离标尺： 生物体或序列之间差异的 数字 尺度。 外群： 与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系 距离标尺 一个单位 结点 同时，可构建同一物种的内部进化树，来比对分析同一蛋白家族中不同蛋白紧密关系。 多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 系统发育树重建分析步骤 1. 距离法 (distance） 适用序列有较高相似性时 2. 最大简约法 (maximum parsimony, MP) 适用序列有很高相似性时 3. 最大似然法 (maximum likelihood, ML) 可用于任何相关序列集合 1. 基于序列距离特征 2+3基于序列离散特征 计算速度： 距离法 最大简约法 最大似然法 系统发育树重建的基本方法 系统发育树重建分析过程 直系同源序列 合理的外群 点阵法 动态规划法 字串法 系统发育树构建的相关软件 ClustalX （序列比对软件） ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件) PHYLIP MEGA PHYML PAUP BEAST Figtree (树形显示软件） TreeView （树形显示软件） 系统发育树构建软件 什么是Fasta 格式? 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。序列文件的第一行是由大于号“”或分号“;”打头的任意文字说明（习惯常用“”作为起始），用于序列标记。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。 实例讲解 下面我们以XK为例 1、下载所需的各个氨基酸序列,序列以Fasta格式保存于txt文本中。 序列下载完之后，汇总到一个txt文本中。 2、在MAGE4中打开序列 打开MAGE4→Alignment→ Alignment Explorer Edit框点击Inter Sequence From File打开汇总序列 3、比对序列，在Alignment中点击Align by ClustalW 4、输出数据：Data中点击Export Alignment→MAGE Form，命名保存 保存 打开比对结果 5、建树：Phylogeny中点击Construct Phylogeny 实例讲解 1.选择Alignment标签 2.选择Output format options PHYLIP软件：PHYLIP MEGA软件：FASTA 点击 Do Complete Alignmen