林木比较基因组学研究进展林木比较基因组学研究进展.docVIP

林木比较基因组学研究进展林木比较基因组学研究进展 林木比较基因组学研究进展林木比较基因组学研究进展 作者:　 2007-10-26 态位点存在基因组的非编码区。杨树比拟南芥拥有更多相似的编码蛋白基因, 如果在拟南芥中有一个某种编码蛋白基因, 那么相应的在杨树基因组中就有1.4~1.8个同源基因, 当然也有例外, 如F-box 编码蛋白基因家族, 在拟南芥中拥有的基因数是杨树中同源基因的两倍(624 对 303)[30,32]。 随着杨树全基因组序列的公布, 也同时开展了其它树种的部分基因组序列直接与杨树全基因组序列比较研究, 研究结果表明林木基因组中存在广泛的同源性, 这有助于探讨林木基因组的进化历程[13,33]。Hanley等利用柳树微卫星富集文库中的DNA序列与杨树全基因组序列进行比较, 发现柳树遗传连锁图谱上的微卫星标记相对应的柳树DNA序列当中, 绝大多数(97.2%)与杨树基因组的具有同源性, 其中一些(76.4%)还具有高度同源性; 同时根据杨树全基因组序列和EST数据库设计了SNP标记, 有79个标记连锁到柳树遗传图谱上, 其中有76个扩增的柳树DNA序列与杨树基因组靶序列具有高度同源性, 3个标记产生的DNA序列与靶序列没有同源性, 但与杨树基因组其他序列具有高度同源性。同时他们利用1 825条柳树EST与杨树基因组进行比较研究, 也发现柳树与杨树基因组存在微共线性, 并推测杨树和柳树在进化过程中可能共同经历相同的基因组复制事件[30]。 4 QTL的比较分析 林木的重要性状如生长量、材性以及抗逆性等均属于数量性状, 分子标记技术的发展使得把 QTL 定位在染色体上变为现实。利用同一套通用分子标记对同一或相似表型性状在不同物种中进行QTL比较作图, 寻找QTL在基因组中的共线性, 这为比较基因组研究提供了一种思路, 也可以使我们对复杂性状遗传有更深层次的认识。林木在QTL的比较作图方面已取得了一定进展。Chagné等[3]利用ESTP标记技术对海岸松和火炬松进行基因组比较作图研究, 对定位的QTL位点进行对比, 发现控制木材密度和细胞壁成分的两个QTLs在两树种遗传图谱上的位置也是相对保守的; 该研究是首次在林木中进行QTL的比较研究, 体现了基因组比较作图在应用上的意义, 即可以利用基因组比较图谱鉴定不同树种的一些重要性状的QTLs, 从而可以发现一些‘通用’QTLs用于标记辅助选择。Dirlewanger等[10]利用李树参照图谱锚定不同树种遗传连锁图谱, 发现了影响重要农艺性状的28个相对保守的QTLs。 5 林木比较基因组学研究的应用 比较基因组学研究可以将不同的生物种类联系在一起, 架起基础研究与应用研究的桥梁, 跨种、跨属、甚至跨界的基因组比较研究对于人们了解基因组的结构和进化机理、基因的结构和功能以及基因组的变化如何导致生物多样性都具有重要意义; 可为系统发育(phylogeny)及进化等研究提供直接信息, 而且使基因组研究不再是有一个个主要依据各物种的经济价值而确定的、局限于各个物种的分散系统, 不同领域的研究可有机结合, 建立超越物种界限的大遗传系统[9,34]。 (1) 根据属内不同种的基因及其排列顺序高度保守性的特点, 可探索相关物种或类群的染色体/基因组结构和进化机理; 利用保守性高的分子标记构建图谱, 可以比较这些标记在种内不同杂交组合甚至林木不同种的基因组中染色体来源及其排列顺序, 与传统的细胞遗传学手段相比可提供基因组结构和进化历 提供有益的参考。 1 比较基因组学研究方法 比较基因组学研究方法主要包括3个方面: 一是基因组比较作图(Comparative mapping), 即利用共同的遗传标记(主要是分子标记、基因的cDNA克隆以及基因克隆)对相关物种进行遗传或物理作图, 比较这些标记在不同物种基因组中的分布情况, 揭示物种间DNA或DNA片段上的同线性(synteny)和共线性(collinearity)及微共线性(microsynteny)[3], 从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精确分析。目前该方法在松科的比较基因组学研究中应用较多。所谓同线性是指一个物种某染色体或染色体片段上的两个或多个标记被定位于另一个物种的同源染色体上, 但这些标记间的相对顺序有时有变化, 而共线性则指同源染色体或染色体片段不仅其标记, 而且其标记间排列顺序都是保守的。所谓微共线性是指在一个小的基因组区域内(一段特定的DNA序列)存在共线性的情形, 可通过对YAC或BAC克隆的限制性图谱或直接对DNA区段进行测序并进行比较分析