图7具有生防和植物促生活性的次级代谢产物.pptVIP

3 多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）基因组学研究 类芽孢杆菌属（Paenibacillus）已有110多个种，但其基因组信息是极其缺乏的。类芽孢杆菌（Paenibacillus spp.）是土壤、植物生态系统的重要成员；多粘类芽孢杆菌（P. polymyxa ） 是其模式种，广泛应用于农业、医药、工业、环境修复等领域。多粘类芽孢杆菌的一些菌株是十分重要的植物根际促生细菌，能够促进植物生长、抑制土传病害。 新近已经陆续完成了3株多粘类芽孢杆菌的基因组测序工作。 多粘类芽孢杆菌(P. polymyxa) E681只含有一条环状染色体，基因组大小为5,394,884 bp，G+C含量为45.8%，12个rRNA 操纵子，4,805个编码基因，蛋白编码基因主要分布于正链上。 基因组中含有至少13种胞外功能σ因子。 有19个插入序列元件，但几乎没有噬菌体相关基因。 对其产生的一些抗生素合成机制进行了研究，多粘菌素（Polymyxin）是一类抗革兰氏阴性细菌的抗生素，其生物合成与运输主要由pmxABCDE 基因簇控制。杀镰刀菌素（Fusaricidin）是一类抗真菌抗生素，其生物合成由 fus基因簇所控制。E681 可能还合成聚酮化合物、 类 tridecaptin 非核糖体肽、lantibiotic等。 生长素生物合成可能是通过吲哚-3-丙酮酸途径进行的。 该菌株还产生挥发性化合物，促进植物生长、诱导植物系统抗生。在其基因组中也发现了N-乙酰-L-高丝氨酸内酯酶基因 。基因组分析发现，E681产生多种分解植物多糖的胞外水解酶，包括木聚糖酶、果胶酶、纤维素酶和淀粉酶等。 多粘类芽孢杆菌（P. polymyxa ）SC2是分离自辣椒根际的一株植物根际促生细菌，已广泛用于植物土传病害的生物防治。 SC2 菌株基因组由一个5,731,683 bp 的环状染色体和一个510,115 bp的质粒组成，G+C含量分别为44. 62% 和37.61%。 染色体含有5401 编码基因，14 个rRNA 操纵子和154个tRNAs基因；质粒pSC2含有649编码基因，44个tRNAs基因。 在质粒上含有许多必须基因，如嘌呤、嘧啶和脂类代谢，核糖体蛋白，翻译延伸因子、各种类型的DNA甲基的转移酶等，表明质粒对该菌株生命活动的重要性。 SC2染色体上含有许多与抗生素合成有关的基因，如fusaricidin、polymyxin、lantibiotic和polyketide生物合成基因簇，bacitracin合成酶1、iturin A合成酶和bacillorin 合成酶B等基因. 4 荧光假单胞菌Pf-5和丁香假单胞菌B728a 基因组生物活性小分子发掘-基因组发掘策略（Genomic Mining Strategy） 通过基因组序列分析发现，假单胞菌（Pseudomonads）具有远高于预期的产生次级代谢产物的遗传能力，许多次级代谢途径的产物尚不清楚。 由于大量的微生物次级代谢物具有重要的生物活性，对这些未知次级代谢物进行发掘和利用具有广阔的前景，有可能发现独特的具有医药或农业应用潜力的天然产物。 荧光假单胞菌（P. fluorescens）Pf-5 是一株有效的土传病害生防菌株；丁香假单胞菌丁香致病变种（P. syringae pv. Syringae）B728a（Pss B728a）是一株植物病原菌，引起菜豆褐斑病。 2005年，已经完成了这两个菌株的基因组测序。 对其基因组序列进行的生物信息学分析发现，除含有已知的生物合成基因簇外，还含有大量的编码次级代谢物孤儿途径（orphan pathways）。 采用不同的基因组学方法，使得人们能够将这些途径与天然产物联系起来，如Pf-5产生的抗真菌天然产物orfamides A-C和细胞毒素rhizoxin衍生物；Pss B728a产生的兼容性溶质 N-乙酰-谷氨酰胺酰基-谷氨酸铵（N-acetyl-glutaminyl-glutamine-amide）。 基因组发掘策略（Genomic Mining Strategy ）是建立在基因组测序及注释基础上，以基因组学方法为指导，与插入突变和代谢物分析相结合，从基因组中寻找新天然化合物的策略。 首先对基因组中的孤儿基因簇（orphan gene cluster）进行序列、结构和功能等分析，然后进行插入突变，获得缺失突变株，对突变株和野生型菌株的代谢产物进行比较分析，最后分离目标化合物、并进行结构及生物活性等研究。 利用基因组发掘策略，从荧光假单胞菌（P. fluorescens ）Pf-5 中分离到5个大环内酯类的rhizoxin 类似物，表现出抗真菌、细胞毒素和植物性毒素特性。 这些化合物是通过一个杂合的聚酮合成酶/非核糖体