生物物理技术提纲.docx

生物大分子结构 蛋白质 氨基酸：α-氨基酸，L型（除甘氨酸） 肽键：一个氨基酸羧基和另一个氨基酸氨基脱水缩合形成的化学键 性质：C-N键不能旋转；肽键平面（p-π共轭） 肽平面：多肽链折叠为肽链主骨架的基本单元，包括两个碳原子和中间的一个肽键 结构层次： 一级结构：氨基酸序列 高级结构： 成因：肽平面；R基团空间位阻；规律性折叠；稳定高级结构作用力 二级结构：多肽链借助氢键延一定方向排列成的具有周期性和规律性的结构单元 α-螺旋（3.6aa/圈、r=0.23nm、螺距0.54nm、右手螺旋）；β-折叠；β-转角；无规卷曲） 稳定力：氢键 超二级结构：两个或两个以上的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列为规则的，具有空间结构特征的组合体 稳定力：氢键，范德华力，离子键，疏水作用力 结构域：具有功能的单元，介于超二级结构与三级结构之间 三级结构：一条多肽链所有原子的空间排布（疏水内核） 四级结构：多条多肽链特点方式组装而成 结构是功能的基础 核酸 生物信息流与中心法则 DNA 作用力：碱基配对；碱基堆积；疏水作用；减小静电排斥 核酸结构分级 一级结构：核苷酸序列 二级结构：核酸双链 三级结构：超螺旋/其他高级结构 RNA：易水解 生物大分子内作用力 四种相互作用：引力；电磁；强；弱 蛋白质 强相互作用：共价键（一级结构；二硫键烫发） 弱相互作用：离子键；氢键（方向性；排他性）；疏水作用（熵增驱动）；范德华力 核酸 染色体结构： 40%DNA，60%蛋白 组蛋白高度保守；修饰作用 核小体：缠绕146bp 高级结构：30nm纤维 RNA 单链核酸（紧凑结构；碱基互补；茎-环结构） tRNA（两条A螺旋呈直角；非常规：特殊碱基对、三碱基对、碱基-骨架作用） 形成高级结构要素：2‘-OH；单链；多种二级；三级包括碱-碱与碱-骨 生物大分子间相互作用 蛋白-核酸复合物 功能：结构（组蛋白）；调节（转录因子）；催化（聚合酶） 作用：静电（蛋白-磷酸骨架）；氢键（蛋白-链/碱）；疏水（蛋白疏水-碱基） 特异性识别：核酸内切酶；大沟 识别结构域： HTH： 结构特点：20aa；两α之间120°；第二α为识别螺旋 序列特点：疏水核心；9thaa多为Gly；shs转角；phs（极疏小）1stα 识别：回文DNA Rep： 氢键定位； 识别螺旋与DNA特异性作用； DNA形变有助于蛋白紧密结合与亲和特异性 Zinc Finger 锌指结构 含一个或多个被Cys或His螯合的锌离子 锌离子稳定蛋白三维结构 结合DNA，转录因子功能，结合RNA/蛋白 多种结构模式 锌指蛋白 α螺旋与DNA大沟结合 单个锌指结合DNA无特异性 连续锌指特异性结合DNA，增强与DNA亲和力 含有2-37个锌指 一对一相互作用 单一锌指识别DNA中连续3个碱基 两相邻锌指识别6-7个碱基 不同aa组别识别特定序列 Leucine zipper 特点 30aa，Leu每7个aa出现一次 两α螺旋平行结构 coiled-coil结构，3.5aa/圈，准确每两圈一次Leu Leu间相互作用，形成疏水核心 与DNA作用 碱性区域与DNA大沟作用 特异性作用：氢键；疏水 非特作用：氢键 HLH 二聚现象 基因编辑 定义：有目的性的对DNA核酸序列进行删除插入等操作 传统方法：人工诱变；转化/转染；同源重组 第一代技术：ZFN 第二代技术：TALENs CRISPR/Cas9：成簇的、规律间隔的短回文序列 蛋白质折叠 简介 定义：蛋白质凭借相互作用在特定细胞环境下自我组装，形成有一定功能的结构过程 Anfisen实验：1954；蛋白高级结构由一级结构决定；加入巯基乙醇，尿素再还原 蛋白质折叠速率：？ 蛋白折叠问题：规律、稳定性、生物活性；热力学/动力学、体内/体外、理论/实验 第二遗传密码（第一问题：物理密码） 定义：氨基酸序列与空间结构对应关系 特点： 简并性 不同生物体内同功能蛋白质有aa差异，整体结构相同 化学修饰影响侧链不影响总体 定点突变说明个别甚至一段序列的替换不影响构象，生物活性 多意性：同序列aa不同条件下空间结构不同 全局性： 意义：完善中心法则；蛋白质设计需要；理解蛋白质折叠疾病需要 折叠过程（第二问题：折叠动力）（未解之谜） 框架模型（1982，P.S.Kim/R.L.Baldwin）一步步折叠，局部构象依赖于局部序列 疏水塌缩模型：疏水片段先聚集 扩散-碰撞-粘合机制：几个位点生成疏水簇，非特布朗运动扩碰粘成大结构 成核-凝聚-生长模型：折叠晶核（特异性相互作用）扩大 拼版模型：多条途径折叠；折叠快；影响小 邹氏模型：边翻译边折叠，从一端开始 蛋白质结构预测 CASP 同源建模/片段拼接 体内折叠：蛋白质浓度极高 分子伴侣 定义：保守蛋白质，识别肽链非天然构象