第十三章计算机辅助药物设计.pptVIP

首先给大家一个直观的印象,这是Sybyl软件的基本界面。从图中我们可以看到界面分成上下两个部分，上面是图形界面，用鼠标直接操作菜单。下部分是命令行界面，提供给熟练的用户用命令操作或者是使用SPL语言编写的脚本。Sybyl使用单一界面，基本上所有软件模块都在这个统一的平台上运行，学习起来相对简单，能够让科研人员把主要的精力放在药物研究方面，而不是软件的学习。接下来我将结合一些实例向大家介绍sybyl软件模块。 首先介绍Sybyl的生物大分子模块系列，包括以下八个模块,这些模块能对三维结构已知的大分子进行修正和能量的优化,对三维结构未知的大分子进行同源模建或者是反向折叠预测,对结构进行合理性分析，对结合腔的位置进行确定。 后两个模块LEAPFROG,RACHEL是基于大分子结构的从头设计软件模块, 在对靶点和结合腔进行了详尽的了解后，通常最直接的方法就是进行分子对接，虚拟筛选。 * * * * 分子对接 FlexX Surflex-dock Chemical Informatics化学信息学  UNITY（数据库管理与搜索） CONCORD /SteroPlex （2D-3D） SARNavigator（高通量筛选数据分析） 计算机辅助药物设计分类 1、基于受体的药物设计 根据靶标生物大分子的结构，设计能与其结合的小分子化合物 分子对接（Docking） 从头药物设计（d