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细菌分类鉴定规程 细菌分类鉴定规程 杜艳、余翔、罗国升 新菌鉴定主要流程： 1、?潜在新菌的确定 拿到拼接好的16Sr?RNA?gene序列后，进入NCBI?blastN?( HYPERLINK / /)或EzTaxon?server?2.1?( HYPERLINK 5:8080/ 5:8080/)?进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。 2、?选择标准菌株构建进化树 选择参考菌株构建三种进化树?(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type?species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E.?coli。 3、?购买标准菌株 根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在 HYPERLINK http://www.bacterio.cict.fr/ http://www.bacterio.cict.fr/?上查找。 标准菌株的选择需遵循以下几点：1)?如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。2)?一个属的模式种是最