02大分子的结构与功能-2.pptVIP

蛋白质－蛋白质相互作用和识别在诸如生物催化、转运、信号传导、免疫、细胞调控等多种生命过程起着重要的作用。 蛋白质的结合位点 一个蛋白质分子与其配体之间的结合需要在两个分子的特定部位之间形成很多弱化学键，两分子间相互作用的部位称为结合位点。仅仅属于多肽链的一小部分，其余的氨基酸残基为维持正确的空间位置所必需。 蛋白质之间相互作用的特异性 由其结合位点决定。两分子的结合位点必需存在能够配对形成非共价键的基团，而且每对基团在空间上恰好能达到形成非共价键的最佳距离。 信号传递过程中，正是通过蛋白质分子之间相互作用的特异性而保证信号传递的特异性。 DNA-蛋白质相互作用（DNA-protein interaction） 一、 DNA-蛋白质相互作用的化学键 1、氢键：具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。 2、疏水键：暴露于大沟侧缘的T-CH3基团是疏水性的，可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。 3、离子键： 二、DNA-蛋白质相互作用中的序列特异性 1、序列特异识别的结合：依赖两种类型的相互作用。一是多肽链与DNA大沟暴露的碱基之间通过氢键和范德华力建立的联系；二是多肽链中的碱性氨基酸与戊糖-磷酸骨架之间 的电荷联系。 2、序列特异结合的结构基元：螺旋-转角-螺旋（helix-turn-helix HTH），锌指结构（zinc finger motif），亮氨酸拉链（Leucine Zipper） H-Bonding in a Protein-DNA Interaction HTH HTH基元：最初发现于λ噬菌体的阻遏蛋白中，现发现在很多原核及真核DNA结合蛋白中存在。由两个较短的α螺旋与其间含Gly残基的绞链组成。如大肠杆菌的CAP蛋白含一HTH结构域，HTH通过DNA双螺旋大沟识别、结合反向重复序列TGTG/CACA。 HTH 锌指结构首先发现于非洲爪蟾卵母细胞纯化的TFⅢA，它是5SrRNA基因转录激活因子，结合50bp 5SrRNA编码基因 的内调控区。含有9个相同的锌指结构。 Zinc finger（锌指）:长约30个aa，其中4个氨基酸（Cys或2个Cys，两个His）与一个Zinc原子相结合。与Zinc结合后锌指结构较稳定。 Leucine zippers（亮氨酸拉链）是亲脂性的α螺旋，包含有许多集中在螺旋一边的疏水氨基酸，两条多肽链以此形成二聚体。每隔7个残基出现一个亮氨酸。由赖氨酸（Lys）和精氨酸（Arg）组成DNA结合区。 Leucine Zipper Zipper: every 7th residue is a Leu ? Hydrophobic interface Leucine Zipper 谢谢！ 第二节 蛋白质 蛋白质的一级结构与功能的关系 蛋白质的空间结构与功能的关系 蛋白质二级结构与功能 模体与结构域 蛋白质三级结构与功能 蛋白质四级结构与功能 蛋白质结构的主要层次 一级结构 四级结构 二级结构 三级结构 primary structure secondary structure Tertiary structure quariernary structure 超二级结构 结构域 supersecondary structure Structure doman 一级结构与功能 一级结构是蛋白质功能的结构基础，也决定蛋白质的空间结构。 蛋白质一级结构中也有一些特定的序列能阻碍蛋白质表现出生物功能，只有将其切除后才能形成有活性的蛋白质。如牛胰岛素原和酶原。 分子病：基因突变导致蛋白质的一级结构改变，表现出生理功能的异常，使机体出现病态现象。如镰刀状红细胞贫血。 一级结构中的主要化学键： 肽健，二硫键 正常红血球 镰刀状红血球 二级结构与功能 α-螺旋（α-helix）、 β-折叠（β-pleated sheet）、β-转角、无规卷曲（random coil）、π-螺旋及Ω环（ Ω-loop）。 α-螺旋多的蛋白质分子紧密、稳定。如毛发、细菌纤毛的蛋白质。 富含β-折叠的蛋白如丝心蛋白柔软有强度,但缺乏弹性. 特征：1、 每隔3.6个AA残基螺旋上升一圈，螺距0.54nm; 2 、 螺旋体中所有氨基酸残基R侧链都伸向外侧，链中的全部C=0 和N-H几乎都平行于螺旋轴; 3、每个氨基酸残基的N-H与前面第四个氨基酸残基的C=0形成氢键，肽链上所有的肽键都参与氢键的形成。 α－螺旋（α－helix） β－折叠（β-pleated