MEGAversion6概要.ppt

MEGA version 6:Molecular Evolutionary Genetic Analysis 组员：李念念 秦亚平 MEGA简介 MEGA是一款用于分子进化遗传分析的软件。 MEGA可用于序列比对、进化树的构建、估计分子进化速度、验证进化假说等。 下载地址：/ MEGA version 6:Molecular Evolutionary Genetic Analysis Clustal X 下载地址：/ 作业 1.选择一个自己感兴趣的蛋白质，下载不同物种中此蛋白质的序列，用MEGA软件进行多序列比对。 2.查找SARS病毒的核酸序列，选择其中10条下载后用MEGA软件进行多序列比对。 * Two ways to create a multiple sequence alignment 1.Open the Alignment Explorer,paste in a FASTA MSA 2.Select a DNA query,do a BLAST search once your sequences are in MEGA,you can run ClustalW then make trees and phylogenetic analyses [3] Click DNA or Protein [2] Select Create a new alignment [1] Open the Alignment explorer [4] Find,select,and copy a MSA(eg.FASTA) [5] Paste it into MEGA [6] If needed,run ClustalW to align the sequences [7]Save (Ctrl+S)as .mas then exit and save as.meg 注：多序列比对结果中， 红色表示酸性AA; 蓝色表示碱性AA; 粉色表示中性亲水AA; 深绿色表示脂肪族AA; 浅绿色表示芳香族AA; 黄色表示含硫AA; 橙色表示含亚氨基的2条序列的相似度为52% *