内参基因选择相关软件概要.ppt

内参基因选择相关软件 GeNorm程序 BestKeeper 程序 NormFinder 程序 获得最稳定的内参基因 相关软件 GeNorm程序是Jo Vandesompele于2002年编写的专门用qPCR方法选择内参基因的程序。geNorm程序核心原理是：不同实验条件或不同组织细胞中，2个理想看家基因表达水平的比值在所有样本中应当一致，表达水平比值变异度的增加意味着看家基因表达稳定性的下降。该程序将某一看家基因与其他看家基因表达水平的两两比值经对数变换后，计算其平均标准差作为基因表达稳定度的平均值M。对所有候选看家基因的表达稳定度进行排序，看家基因的M值越小，表示该看家基因的表达越稳定。GeNorm程序可以用于筛选任何组细胞的任意数量内参基因，选择出2个以上，而不是传统地使用单一内参基因，有利于系统偏差的校正，得到更可靠的相对定量结果。另外geNorm程序可以利用对标准化因子进行差异分析确定所需看家基因的最适数目。 参考文献： Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes， 2002， Genome Biology 例如： GeNorm计算公式 参考文献：Determination of stable housekeeping genes, differentially regulated target genes and sample integrity: BestKeeper–Excel-based tool using pair-wise correlations， 2004， Biotechnology Letters BestKeeper是Michael等(2004)编写的针对内参基因和目标基因进行选择的程序。 BestKeeper软件可以比较100个样品中10个内参基因和10个目标基因的表达水平。具体操作是把原始数据输入BestKeeper 软件的Excel表格中，内参基因和目标基因进行单独分析。 BestKeeper程序在每个基因之间产生配对的相关系数和BestKeeper指数（每个候选基因Ct值的几何平均数），根据其值的大小进行比较。其优点是不但可以分析内参基因的稳定性，而且可以比较目标基因的表达水平。 参考文献：Normalization of Real-Time Quantitative Reverse Transcription-PCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes Suited for Normalization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets， 2004， cancer research NormFinder 程序是用于选择合适内参基因的工具，由 Claus 等 2004 年编写其运行原理与 geNorm 程序类似，产生基因表达稳定值,然后根据稳定值排序，最终将表达稳定值最小的基因作为最稳定的基因。其缺点是只能选择一适的内参基因作标准。而 geNorm 程序通过基因配对的形式,筛选出最不稳定基因，然后将剩下基因重新排序重新配对进行筛选，最终选出适当数目的合适基因。