动物DNA识别概要.ppt

动物“DNA条码”识别 如何将上千万种的生物进行分类？ 一、前言 一、前言 一、前言 二、材料与方法 二、材料与方法 二、材料与方法 二、材料与方法 三、结果 三、结果 三、结果 三、结果 三、结果 三、结果 三、结果 四、结论 Thank You! * * L/O/G/O 李龙山 2015年4月 宁夏鼎实生物鉴定中心（有限公司） （3）需要专业技术水平相当高的人员。 1、传统的生物形态学分类具有很大局限性。 （1）表形的可塑性和基因的可变性导致分类不准确。 （2）形态学上的分类鉴定只能用于动物某些特定的发育阶段。 （1）线粒体基因很少有内含子，且是单体遗传，无重组现象。 （2）COI基因由于具有以下两个优点而被用于基因条码。一是扩增引物的通用性。二是该基因具有较多的系统发育信号。其编码蛋白的第三个密码子具有较高的替换发生率。碱基序列具有足够的多样性信息可以分类到种，而且氨基酸序列比较保守，所以对氨基酸序列进行分析可以得到门级和目级的分类信息。 （3）通过分析生物体DNA序列多样性，进而对物种进行分类。这段序列我们可以将其称为“基因条码”，其存在于生物体的每一个细胞。 2、运用现代分子生物学手段进行物种分类。 线粒体细胞色素C氧化酶1（COI） 3、研究目的 这篇文章的目的是测试COI在分类学上的可行性。 5‘-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’ HCO2198 658bp 5‘-GGTCAACAAATCATAAAGAT ATTGG-3’ LCO1490 目的片段大小 序列 引物 1、测序 2、COI 数据构建 （1）门级COI序列数据库 构建了7个主要动物门数据包含100个COI序列均来自于GeneBank，为具有代表性，每一序列来自具有代表性的纲中的不同科。有10个序列分别来自于环节动物门、脊索动物门、棘皮动物门、线虫动物们、扁形动物门，代表了5000—50000个种。有25个来自于节肢动物门和软体动物门，代表了约10万个种。 （2）目级COI序列数据库 COI序列来自于具有代表性的100个昆虫科。其中包括昆虫纲物种最丰富的4个目，约10万个种以及随机挑选的15目，约1000—15000个种。 （3）种级COI序列数据库 数据来自于加拿大圭尔夫地区200个普通的鳞翅目物种，包括三个总科，分别是尺蛾总科、夜蛾总科和天蛾总科。该数据文件用于测试COI序列分类能力的极限。 3、分类测试 门级：选取了55个物种对门级物种进行验证，其中有5个来自于具有代表性小门，15个具有代表性的软体动物门和节肢动物门。 目级：选取50个新类群用于目级验证，其中包括1到5个小目，5到10个来自于4个典型的大目。 种级：150个物种用于测试种级。 门级和目级测试的物种，COI数据文本中没有，而种级测试包含。 4、数据分析 （1）用SeqApp 1.9对COI进行序列比对，669 bp用于门级分析，624 bp用于目级分析，617 bp 用于种级分析，其中门级和目级分析氨基酸的多样性，泊松分布。种级使用Kimura双参数模型分析核苷酸序列。 （2）用MEGA 2.1、邻接法（Neighbour-joining ）构建进化树。 （3）用SYSTAT软件、多维标度法（MultiDimensional Scaling）分析种级结果。 1、门级分类结果 2、目级分类结果 100个昆虫科分属于8个目 3、种级分类结果 欧几里德空间分布显示200个鳞翅目物种分属于3个总科。 星号：尺蛾总科 圆圈：夜蛾总科 三角形：天蛾总科 4、测试结果 灯蛾科18种 舟蛾科20种 偶几里得多维标度法种级测试结果 天蛾科11种 鳞翅目5科在不同分类级的COI核苷酸序列多样性比例 1、我们确立线粒体细胞色素C氧化酶1（COI）可以作为动物分类的核心序列。我们证明了COI数据文件可以将未知类群正确的归类到门级和目级，而且在种级的分类过程中我们建立了一个COI分类的模型，可以将鳞翅目物种完全正确的分类到种。 2、今后随着COI系统不断的完善，将会成为一个可靠、经济和有效的分类工具。解决当前生物分类所面临的问题。这也为我们认识生物的多样性和生物分子的进化提供了一个新的视角。 * *