3C准则引出基于基因组信息的新菌种概念以沙门氏菌为例阐明.docVIP

Springer出版社 微生物期刊《安东尼·范·列文虎克》（2012年）101卷：:67~72页 DOI号10.1007/s10482 011 9680 0 Perspective综述论文 3C准则引出基于基因组信息的新菌种概念——以沙门氏菌为例阐明 唐乐，刘树林 摘要 困扰细菌分类和系统学的一个关键问题是缺乏生物学种的定义。以遗传和生物学为基础的定义菌种的标准应该能够显示不同细菌类群间清晰的边界。迄今，DNA杂交试验和核糖体RNA序列比对被用于测定细菌间的相对演化距离，但是这些实验数据都是连续的，因此不能够把细菌类群定义到物种这个分类学单位。我们以沙门氏菌作为模型，找出了一些具有遗传和生物学特征的细菌类群。我们发现每一个沙门氏菌系都有一种独特的基因组结构，同系菌株结构相同、不同系菌株结构不同，我们推断这个现象是遗传隔离所导致的结果，而遗传隔离与细菌分岐演化相随。我们猜想在基因组水平上不同的菌种间存在着遗传边界，这猜想有待更深层的基因组研究资料来证实。 关键词 菌种 细菌系统学 细菌分类学 细菌命名法 沙门氏菌基因组 关于菌种概念的简要历史回顾 1684年，安东尼·范·列文虎克——一个业余制作显微镜的荷兰人用极简单但在当时却最先进的显微镜首先看到了一直以来被人们怀疑存在的“极微小的动物”——即后来所说的细菌。现在大家都知道细菌无处不在、生活在各种环境中，并且细菌在生物圈中生物量