beast系列件使用.docVIP

个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、File-—Import Data—打开NEXUS(beauti软件的NEXUS文件与PAUP软件的有不同) 文件打开后显示为 2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先,设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“+”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCMC分析的时候保持单源。最后可以得到类似： 3、选择substitution model 这里主要是模型的选择 substitution model中主要为三个模型HKY GTR TN93根据模型构建来选择 Base frequencies中Estimated/Emirical/All equal三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model中None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invari