蛋白质结构与功能预测课题.ppt

蛋白质结构与功能预测 2007年12月 平均疏水值 预测的跨模螺旋区域 两种跨膜Helix 预测区域的螺旋示意图 平均疏水值 预测的跨模螺旋区域 两种跨膜Helix * 亲疏水轮廓 跨膜蛋白序列“边界”原则 -Landolt Marticorena et al., 1993 胞外末端－Asp、Ser和Pro 胞外-内分界区域－Trp 跨膜区－Leu、Ile、Val、Met、Phe、Trp、Cys、Ala、Pro和Gly 胞内-外分界区域－Tyr、Trp和Phe 胞内末端－Lys和Arg 两股或两股以上α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构 存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能， * 蛋白质卷曲螺旋域分析 典型的有亮氨酸拉链，存在7残基 重复结构（heptad repeat)，以a，b， c，d，e，f，g位置表示，其中a和d位置为疏水性氨基酸，而其他位置 残 基为亲水性 COILS- /software/COILS_form.html PEPCOIL- http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.html 蛋白质卷曲螺旋域分析 工具 网站 备注 Coils /software/COILS_form.html 主流的预测螺旋卷曲工具 Paircoil2 /cb/paircoil2/paircoil2.html 由MIT大学开发的基于残基配对概率算法的预测工具 PEPCOIL http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.html 由EMBOSS维护的预测卷曲螺旋程序，同Coils类似 SOCKET server http://www.lifesci.sussex.ac.uk/research/woolfson/html/coiledcoils/socket/server.html 一个分析蛋白质结构中卷曲螺旋的工具，其输入数据格式为蛋白质结构数据 TRESPASSER http://comp.chem.nottingham.ac.uk/cgi-bin/trespasser/trespasser.cgi 由Nottingham大学开发的亮氨酸拉链结构识别工具 2ZIP http://2zip.molgen.mpg.de/index.html 预测蛋白质序列中潜在的亮氨酸拉链结构和卷曲螺旋 蛋白质卷曲螺旋预测工具 COILS- /software/COILS_form.html COILS蛋白质卷曲螺旋预测方法基于Lupas算法，是目前主流的卷曲区域预测算法 一般滑动窗口的大小采用7的倍数 蛋白质卷曲螺旋分析 选择滑动窗口大小 选择打分矩阵和权重 选择输入格式，选择“SwissProtID or AC” 查询内容，输入“GO45_HUMAN” 图形结果 蛋白质二级结构预测 基本的二级结构 α螺旋，β折叠， β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白质局部结构组件 分析方法： 基于统计和机器学习方法进行预测 Chou-Fasman算法 GOR算法 多序列列线预测 基于神经网络的序列预测 基于已有知识的预测方法 （knowledge based method） 混合方法（hybrid system method） 工具 网站 备注 BCM Search Launcher / 包括了常见的蛋白质结构分析程序入口，一般分析可以以此服务器作为起点 HNN http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_nn.html 基于神经网络的分析工具，含序列到结构过程和结构到结构处理 Jpred pbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/submit.html 基于Jnet神经网络的分析程序，并采用PSI-BLAST来构建序列Profile进行预测，对于序列较短、结构单一的蛋白预测较好 nnPredict /~nomi/nnpredict.html 预测蛋白质序列中潜在的亮氨酸拉链结构和卷曲螺旋 NNSSP http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/nnssp-simple.html 基于双层前反馈神经网络为算法，还考虑到蛋白质结构分类信息 PREDATOR http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/predator-simple.html 预测时考虑了氨基酸残基间的氢键