蛋白质组学数据数据处理流程课题.pptVIP

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2016-11-27 发布于湖北
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蛋白质组学数据数据处理流程课题.ppt

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蛋白质组学数据处理流程 Veyron 质谱数据 raw data文件转换成mzXML文件 Analysis Pipeline mzML/mzXML (conversion options-Centroid all scans) TPP(home)-Tandem- Database Search(Run X!tandem) Add mzXML files Add Tandem Parameters (tandem.params配置参数文件) Add sequence database (待搜索fasta文件) Convert output files to pepXML Analysis Peptides Add *.tandem.pep.xml Output *.tandem.interact.pep.xml Run PSMs 肽匹配数搜库软件（X!Tandem） entry no. protein protein probability protein description percent coverage tot indep spectra peptides 1 sp|A6NHG4|DDTL_HUMAN 1 27.1 13 PFLELDTNLPANR+SHSAHFFEFLTK+VPAGLEK 2 sp|E9PAV3|NACAM_HUMAN 1 18.6 9 DIELVMSQANVSR+NILFVITKPDVYK+SPASDTYIVFGEAK 3 sp|O00299|CLIC1_HUMAN 1 Chloride intracellular channel protein 1 OS=Homo sapiens GN=CLIC1 PE=1 SV=4 18.7 8 GFTIPEAFR+IGNCPFSQR+KFLDGNELTLADCNLLPK+LHIVQVVCK 4 sp|O00764|PDXK_HUMAN 1 Pyridoxal kinase OS=Homo sapiens GN=PDXK PE=1 SV=1 18.9 6 GQVLNSDELQELYEGLR+TVSTLHHVLQR+VLSIQSHVIR+VVPLADIITPNQFEAELLSGR 5 sp|O14561|ACPM_HUMAN 1 Acyl carrier protein, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=NDUFAB1 PE=1 SV=3 15.4 4 LMCPQEIVDYIADKK+LSVNSHFMK 6 sp|O14745|NHRF1_HUMAN 1 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 OS=Homo sapiens GN=SLC9A3R1 PE=1 SV=4 14.5 5 KGPSGYGFNLHSDK+LLVVDPETDEQLQK+LVEVNGENVEK+MSADAAAGAPLPR 7 sp|O14979|HNRDL_HUMAN 1 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like OS=Homo sapiens GN=HNRNPDL PE=1 SV=3 9.3 5 DAASVDK+DLTEYLSR+FGEVVDCTLK+GFGFVLFK+VFVGGLSPDTSEEQIK X!Tandem输出结果差异表达蛋白筛选流程（Knime）差异表达蛋白 protein protein description Twist1 Twist1/Hsp90 Result sp|A6NHG4|DDTL_HUMAN 0.028 0.017 0.607142857 sp|O60701|UGDH_HUMAN UDP-glucose 6-dehydrogenase OS=Homo sapiens GN=UGDH PE=1 SV=1 0.009 0.005 0.555555556 sp|O60869|EDF1_HUMAN Endothelial differentiation-related factor 1 OS=Homo sapiens GN=EDF1 PE=1 SV=1 0.013 0.006 0.461538462 sp|O75347|TBCA_HUMAN Tubulin-specific chaperone A OS=Homo sapiens GN=TBCA PE=1 SV=3 0.02 0.012 0.6 sp|P00390|GSHR_HUMAN Glutathione reductase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GSR PE=1 SV=2 0.014 0.007 0.5 sp|P00966