FFT在生物信息学中的应用(带摘要).docVIP

一、绪言 自从1990年启动人类基因组计划以来，基因测序得到极大的发展，同时蛋白质结构信息也增长迅速，外加上其它的生物数据，这一切形成了一个巨大的生物数据海洋。然而数据并不是知识，与庞大的生物数据相比，相关的生物知识人类掌握的还很少，这便催生了一门新的学科生物信息学。美国在人类基因组计划实施五年后的总结报告中，对生物信息学作了如下定义：生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、处理、储存、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义[1]。 快速傅立叶变换（FFT）是1965年由J.W.Cooley和J.W.Tukey提出的一种旨在加快傅立叶变换（DFT）的快速算法，它将傅立叶变换的运算复杂度由降到了,因而广泛应用于各个科学领域。在生物信息学中，FFT也有广泛的应用，特别是在序列比对，蛋白质结构及功能预测等领域，经常能看到FFT的身影。本文旨在通过对一些应用实例的介绍，以期使读者对FFT在生物信息学中的应用有一个入门性的认识。 二、快速傅立叶变换(FFT)简介 （一）傅立叶变换（DFT） 设为有限长信号，即 则称 为的离散傅立叶变换（DFT），并称为的离散频谱。相应的逆变换为 若引入记号，则有 （二）快速傅立叶变换（FFT） 考虑离散傅立叶变换的运算量，由其定义式知需要