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菌株 JP1降解PAHs的生物信息学分析 报告人：孔静 2016-1-11 菌株 JP1全基因组测序 菌株 Pseudomonas stutzeri JP1 由本课题组从汕头海域海底沉积物中分离得到。 基因组测序、序列拼接以及初步的序列分析由深圳华大基因科技有限公司完成。主要运用Illumina 高通量测序技术，采用全基因组鸟枪法（WGS）进行建Paired-End片段库进行测序。 基因组长度 3.59Mb（3593793bp） 基因个数 4533 GC含量 65.44% 基因在基因组中的含量 86.46% 基因平均长度 792bp 基因间区长度 562817bp 基因间区GC含量 63.15% 基因间区在基因组中的含量 13.54% 菌株JP1基因组统计表 菌株JP1的KEGG代谢通路二级分类图 外源物质的生物降解和代谢 碳水化合物和氨基酸代谢 遗传信息处理：复制和修复 信号转导和膜转运 细胞运动 cis-3,4-phenanthrenedihydrodiol-4-carboxylate dehydrogenase PAH dioxygenase pyrene dioxygenase naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha PAHs从高环到低环的降解既有区别又有联系的。 2 Nr COG KEGG Swis