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生命情報学入門タンパク質の分類法演習2011年6月14日　 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 阿久津　達也 SVMによる細胞内局在性予測 各器官ごとにSVMを学習 器官X 器官Xに輸送されるタンパク質配列を正例 それ以外のタンパク質を負例 最も高いスコアを出力したSVMに対応する器官を予測結果とする 膜タンパク質の膜貫通領域予測 膜貫通領域: αへリックス 7～１７残基程度の疎水性指標の平均値をプロット 平均値が高い部分が膜貫通領域と推定 細胞内局在性予測演習 Target-Pのページからデータを取得 http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/datasets/datasets.php Plant の各5種類から、それぞれ１個づつ配列を選ぶ 最初の配列以外を選ぶ 配列はfasta をクリックし、その中から１個を選んではコピーする 配列1個は不等号（＞）から次の不等号（＞）の前まで SLPFA http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tamura/slpfa.html コピーした配列を枠内に貼り付けて、submit をクリック 結果が、Target-Pの情報と一致するかを調べる 配列データ、SLPFAの予測結果、一致したか？を記載 膜貫通領域予測 SCOPのページからデータを取得 /