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表达谱芯片数据的分析流程生物问题实验设计失败芯片实验数据处理：两种不同的芯片，不同的处理流程质量控制图像处理数据归一化通过数据分析聚类分析分类分析差异基因假设检验生物学验证和解释微阵列数据预处理类软件包简介包名称功能简介affy提供了一组分析工具和交互环境，用于分析和注释探针水平的数据，这些数据是应用Affymetrix公司制造的寡核苷酸芯片的产生的affycomp提供了一组图形化工具，用来评价、分析Affy芯片数据的算法性能affydata这是一组Affy芯片数据，可用于举例说明Affy芯片数据的分析方法affypdnn采用探针依赖最近邻法（PDNN）处理Affy芯片数据，计算基因表达数据affyPLM用于分析Affy芯片数据的探针水平线性模型gcrma结合探针序列信息的背景校正和基因表达数据计算包makecdfenv根据Affy芯片描述文件创建相应的CDF环境annaffy面向Affy芯片marray用于双色荧光（cDNA）微阵列数据分析的工具包matchprobes用于微阵列探针序列的分析工具vsn用于微阵列数据的变异稳定和校准转换的包微阵列数据预处理DNA微阵列寡核苷酸微阵列-affymetrix公司-affy packagecDNA微阵列-斯坦福大学-marray packageAffy包简介 affy芯片上每一条探针的荧光强度的检测数据称为探针水平的数据，对这些数据需要进行背景校正、归一化、PM探针值校正等处理，然后得到基因表达数据。 Affy包提供了一系列的分析算法来实现这个分析过程，并提供了一组绘图函数，对芯片数据和分析结果进行可视化分析。更多信息可访问Affymetrix官网：/。Affy包的使用affy包用于分析affy芯片的探针水平数据，并计算样本的基因表达数据。对于实验得到的芯片扫描图像，首先进行图像分割、探针点定位等分析。cel文件：每个探针的荧光强度测量数据保存在后缀为.cel的文本文件中，一次试验得到一个cel文件。cdf和txt文件：芯片描述文件（cdf文件）和实验描述文件（txt文件），用于分析和注释数据。Affy包将针对探针水平数据的分析包括背景校正、数据归一化、PM校正和汇总探针集数据、计算基因表达数据等过程进行分装以方便用户使用。实际应用中，要处理探针水平的数据，最快捷的方式是创建一个目录，把所有的实验数据文件复制到该目录下面，然后将该目录设置成R语言的工作目录setwd()，可用以下R语句实现。library(affy)#加载affy包data-ReadAffy()#读取工作目录中所有包含探针水平的数据的cel文件eset-rma(data) #使用函数rma计算得到基因表达数据write.exprs(eset,file=exprsdata.txt)#结果保存于“exprsdata.txt”优点：能快速处理探针水平数据得到基因表达数据。不足：没有对原始数据的质量进行评价，也没有针对具体的数据选择最佳的分析方法，也许会导致不合理的分析结果。Affy芯片数据的具体分析流程1.读取实验数据及相关的实验描述和芯片信息2.质量控制（画图观察）3.归一化探针水平的数据并计算基因表达数据4.将分析结果保存到文件中，可以是特定字符分隔的文本文件，也可以是excelAffy的类1.AffyBatch描述用于表示affy芯片数据的类，可以包含具有相同cdf的一批样本数据，是类exprset的扩展。通过函数read.affybatch和readaffy可以创建类的对象。slotscdfname:character类对象，表示芯片对应的cdf文件名称nrow:numeric类对象，表示芯片的物理行数ncol:numuric类对象，表示芯片的物理列数exprs:matrix类对象，基因表达数据的矩阵，每行表示一个探针集（基因），每列表示一个样本Se.exprs:matrix类对象，与exprs相同大小的矩阵，表示每个基因表达数据的标准差phenoData:phenoData类对象，表示样本信息，列表示变量，行表示样本Annotation:character类对象，表示注释信息Description:MIAME类对象，表示实验描述信息Notes:character类对象，表示备注信息方法对各slots的赋值和方位，以及对数据的作图和分析2.probeset描述表示来自一个或多个样本的探针集的PM和MM探针数据slotsId:character类对象，表示探针集IDPm:matrix类对象，包含PM探针的数据，行表示探针，列表示样本Mm:matrix类对象，包含mm探针的数据，行表示探针，列表示样本方法获取样本名称、列名、汇总探针集数据的算法Affy的一些基本函数1.数据的获取和转换Read.affybatch、R