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有 参 转 录 组 05/ 数据分析 基本分析流程介绍及结题报告讲解 FPKM：是每百万fragments中来自某一基因每千碱基长度的fragments数目，其同时考虑了测序深度和基因长度对fragments计数的影响，是目前最为常用的基因表达水平估算方法。 有 参 转 录 组 05/ 数据分析 基本分析流程介绍及结题报告讲解 GO ID号 GO名称 q-value 差异基因个数/GO基因个数 基本分析流程介绍及结题报告讲解 差异基因GO富集分析 基本分析流程介绍及结题报告讲解 差异基因KEGG富集分析 常见问题项目类型及处理办法 1、QC数据量不足（clean不足）—加测 2、Q20、Q30不达标—调参或重测 3、单个碱基错误率过高（超过0.2%）—调参或重测 4、核糖体含量过高（超过15%）—根据客户样品核糖含量情况判定是样品问题还是生产问题，如无法判定一般建议客户重新送样，或者对剩余样品重新建库。 5、有生物学重复的项目重复性不好—剔除样品重新分析或按照无生物学重复的方法重新分析 6、差异基因少—调参分析或换软件；按照无生物学重复方法分析；重新送样 Mapping 率低 排污 有外缘污染 无外缘污染 与样品有关 反馈老师，老师确认后再进行分析 与样品无关 进行排查，给出排查报告 参考基因组问题 参考基因组注释不全 反馈排污结果及之前项目经验 样品与参考基因组亲缘关系远 推荐参考基因组，反馈排污结果 50%-70%左右 可以建议继续分析 50% 建议做无参分析 Mapping率低 Thanks for your attention！ 大家好，我是运营部转录调控组张宇，下面我将第一周学习内容做一个总结汇报。汇报的内容主要有三个方面。 * * A processing：RNA加工，加工包括从原初产物中删除一些核苷酸，添加一些基因没有编码的核苷酸和对那些碱基进行共价修饰。 transport control：RN运输控制（transport control）是对转录本从细胞核运送到细胞质中的数量进行调节。 Degradation control：在细胞质中所有的RNA都要受到降解控制（degradation control）在控制中RNA降解的速率（也称为RNA的转换率是受到调节的。 运输控制（transport control）是对转录本从细胞核运送到细胞质中的数量进行调节。真核和原核生物不同，有一个核膜包被的核，此核膜就是一个基因表达的控制点。我们知道初始转录本是在核内广泛地被加工。实验表明几乎只有一半的蛋白编码基因的初始转录本一直留在核里面，然后被降解掉。成熟的mRNA如何调节从核内转运到细胞质中呢？看来这些mRNA都要通过核孔进行转运，但是对于从核中输出的过程以及输出或保留所需的信号知道得很少。某些证据表明SnRNPs对于mRNA留在核中是很重要的。例如在抑制剪接体装配的成熟酵母中，mRNA易于从核中的输出。这就导致产生剪接体滞留模型（spliceosome retentior model）。在这个模型中剪接体的装配与mRNA的输出相竞争，这样，当前体mRNA在剪接体经过加工的过程中，RNA滞留在核中，不能与核孔相互作用。当加工完成后，内含子被切除了，mRNA从剪接体上解离下来，游离的mRNA能与核相互作用，但内含子不行。现在还不清楚mRNA是否需要一个特殊的输出信号还是属于无规则的输出。2、mRNA翻译的控制mRNA分子通过核糖体对它们的选择充当了翻译调节的主角。不同的翻译明显地影响到基因的表达。例如mRNA储存在很多脊椎和无脊椎动物的未受精卵中，在未受精阶段蛋白质合成率是很低的，但一旦受精蛋白质合成立即增加。因此这各合成的增加并没有新的mRNA的合成，可能是由于存在一种翻译控制之故。最近认为这种翻译控制主要是蛋白降解控制，在控制中蛋白降解的速率是受到调节的。在细胞质中所有的RNA都要受到降解控制（degradation control）在控制中RNA降解的速率（也称为RNA的转换率是受到调节的。通常核糖体中的 rRNA和tRNA是很稳定的，相比之下mRNA分子的稳定性很不一致，有的mRNA的寿命可延续好几个月，有的只有几分钟。我们在某些类型的细胞中加入调节物可使某些特殊蛋白的合成增加。这可能涉及到相关基因转录速率的增加，也可能涉及到其mRNA稳定性的增加。表18-11表明某些特殊效应分子对各种组织和细胞中的mRNA稳定性的影响。真核生物基因的翻译调控的一个重要作用是控制mRNA的稳定性。在某些真核细胞中的mRNA进入细胞质以后，并不立即作为模板进行蛋白质合成，而是与一些蛋白质结合形成RNA蛋白质（RNP）颗粒。这种状态的mRNA的半衰期可以延长。mRNA的寿命越长，以它为模板进行翻译的次数越多