第1部分 Perl语言基础.pptVIP

Perl的功能 Perl的环境准备 一个示例 #!/usr/bin/perl Print “This is my first perl program\n”; $a=; Print $a; Perl的标量 两类： 数字； 字符串。 数字标量 字符串标量 “Hello” “12345” ‘I\’m a student.’ “Hello!\n” “Hello\tHello” … 单引号和双引号的区别 1. 单引号：将引号内容考虑成的标量； 2. 双引号：Perl将察看是否存在变量，并进行转换。 如： $DNA=ACGGGAGGACGGGAAAATTACTACGGCATTAGC print ‘$DNA’; #显示：$DNA print “$DNA” #显示：ACGGGAGGACGGGAAAATTACTACGGCATTAGC 转义字符 Perl的标量变量 1. $DNA $tmp … 2. 变量的赋值： my $a=123; #将数字123赋给变量$a; my $a=“123” #将字串“123”赋给变量$a; … 数学运算符 字符串运算符 “.”，连接前后两个字符串。如： $DNA1=“ATCG”; $DNA2=“ACTG” 则 $DNA1.$DNA2=“ATCGACTG”; 其他运算符 例2：两段DNA序列的合并 例3：DNA转录成RNA 模式匹配: 简单匹配 1. 匹配：m//; 例如：m/ATCG/; 如果匹配到，返回值为1；否则，值为0； 2. 元字符： a. “.”; /p.t/，可匹配：pot; pit; python; p_ter … b. “+”; /po+t/, 匹配：pot; poooot; pootpoot… c. “*”; /po*t/, 匹配：pt；poooot; potpiiiiit… d. “?”; /po?t/,匹配：pt；pot; 模式匹配: 简单匹配 (2) 简单匹配：位置通配符 1. “^”，匹配句首的字母或数字； 2. “$”，匹配句尾的字母或数字； 例： /^P12345/; #匹配句首为”P12345”的行； /^Bob.*Alice$/; #匹配句首为Bob且句末为Alice的行； /^$/; #匹配空行。 模式匹配：替换 替换：s///; s/searchpattern/replacement/; 例4：计算一条DNA序列的互补链 结果输出： GGAAAAGGGGAAGAAAAAAAGGGGAGGAGGGGA 完全错误！ 代码修改 例5：从序列文件中读出数据 Example:NM_021964fragment.pep 文件里的内容是 MNIDDKLEGLFLKCGGIDEMQSSRTMVVMGGVSGQSTVSGELQD SVLQDRSMPHQEILAADEVLQESEMRQQDMISHDELMVHEETVKNDEEQMETHERLPQ GLQYALNVPISVKQEITFTDVSEQLMRDKKQIR 代码修改 $proteinfilename = NM_021964fragment.pep; open(PROTEINFILE, $proteinfilename); $protein = PROTEINFILE; print $protein; #打印第一行数据 $protein = PROTEINFILE; print $protein; #打印第二行数据 $protein = PROTEINFILE; print $protein; #打印第三行数据 close PROTEINFILE; 结果输出 MNIDDKLEGLFLKCGGIDEMQSSRTMVVMGGVSGQSTVSGELQD SVLQDRSMPHQEILAADEVLQESEMRQQDMISHDELMVHEETVKNDEEQMETHERLPQ GLQYALNVPISVKQEITFTDVSEQLMRDKKQIR 代码再修改 $proteinfilename = NM_021964fragment.pep; open(PROTEINFILE, $proteinfilename); @protein = PROTEINFILE; print @protein; close PROTEINFILE; 文件操作: 打开文件 1. $filename= “文件名”; open(Fh, $ filename); #Fh, 文件句柄； My @arrays=Fh; #将文件句柄传入到数组中； 2. open(Fh, “文件名”); 3. use FileHandle; my $fh=new FileHanle(“文件名”)； My @arra