第2次现代生物计算环境及远程访问.pptVIP

* 在原有图形上添加元素 举例： x - rnorm(100) # 生成随机数 hist(x,freq=F) # 绘制直方图 curve(dnorm(x),add=T) # 添加曲线 h - hist(x, plot=F) # 绘制直方图 ylim - range(0, h$density, dnorm(0)) #设定纵轴的取值范围 hist(x, freq=F, ylim=ylim) #绘制直方图 curve(dnorm(x),add=T,col=red) #添加曲线 * 在原有直方图上添加曲线 * 绘图实例 表： 20名青少年儿童的相关数据 * Setwd(“d:/R_exercise”) #设置工作目录 getwd() #查看当前工作目录 Dir() #列举目录下的文件 cystfibr-read.table(abc.txt,header=TRUE) 注：header=T表示将数据的第一行作为标题。 read.table(file=file.choose(),header=T) #可以弹出对话框，选择文件。 读入数据 * 访问数据的某列 mean(cystfibr$tlc) #使用$访问数据的某列 [1] 114 attach(cystfibr) #使用attach避免使用$ mean(tlc) [1] 114 detach(cystfibr) #取消直接访问某列 * 常见统计(Summary)操作 * Plot图像 par(mfrow = c(2, 2)) plot(height, weight) plot(height, weight, pch = 2) plot(height, weight, cex = 1.5) plot(height, weight, col = 3) * Plot图像 * hist图像 par(mfrow = c(2, 1)) hist(tlc[sex == 0], xlim = c(80, 150)) hist(tlc[sex == 1], xlim = c(80, 150)) * hist图像 * density图像 par(mfrow = c(1, 2)) plot(density(tlc)) hist(tlc, freq = FALSE) lines(density(tlc)) * density图像 * boxplot图像 par(mfrow = c(1, 1)) boxplot(tlc ~sex) * pie图像 cars - c(1, 3, 6, 4, 9) pie(cars, main=Cars, col=rainbow(length(cars)), labels=c(Mon,Tue,Wed,Thu,Fri)) * 画Venn图像 install.packages(VennDiagram) library(VennDiagram) 代码见文件D:\R_exercisevenn.R * 五 编写函数 * 编程基础 R可以灵活的编写程序，用户自己编写的程序可以直接调用。编程时无需声明变量的类型，这与C,C++等语言不同。 基本格式 函数名 - function(数据,参数1= 默认值,…) { 异常处理; 表达式(循环/判别); return(返回值); } 函数内部也可用#添加注释 * 函数实例 函数实例 data2mat() * 程序流程控制 if if(条件) 表达式 if(条件) 表达式1 else 表达式2 举例 p = 0.03 { if(p=0.05) print(p = 0.05!) else print(p 0.05!) } * 循环 for, while for(变量 in 向量) 表达式 用法： for(i in 1:10) print(i) while(条件) 表达式 用法: i - 1 while(i10){ print(i); i - i + 1} * 返回值 返回值表示函数输出的结果。 返回值必须是一个对象。 R默认将最后一行作为返回值。 如果函数的结果需要有多个返回值，可以创建一个list()，并返回该对象。 也可以用return()函数，设定返回值。 但是一个函数的返回的对象只有一个。 * 异常处理 如数据输入不能满足要求，或者参数设定错误等等，可能造成函数给出错误的结果，则需要对函数的运行过程发出警告或终止，以提高程序的稳健性。 警告的写法 if(any(is.na(inputdata))) i