寻找启动子区域和预测转录因子结合位点教程.ppt

目的： 寻找promoter区域 预测Transcription factor binding site 寻找promoter区域 用NCBI：/ 用UCSC：/ 用Ensembl：/index.html 用公司信息（只包含公司拥有promoter clones的信息）： / 寻找promoter区域 NCBI ttp:///pubmed/ 选择Gene, 输入ankh,点击search 选择第一项，人类Homo sapiens的ANKH Chromosome 5 location14871887, complement(反义链)即到 基因范围 此例中选取到约2000bp核苷酸序列作为启动子区域 寻找promoter区域 点击GraphicsToolsSequece Text View 寻找promoter区域 点击Go To Position, 输入点击Prev Page找到具体位置 复制白底黑色区域即为promoter区域。 寻找promoter区域 在前两张幻灯片中选择FASTA 在右边Change region shown输14873887 Display options选择Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输14873886 ） 寻找promoter区域 / 选择genomes 在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH 点击Tables 在track中选择RefSeq Genes，在output format中选择sequence 点击get output。 选择genomic。 寻找promoter区域 选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写 寻找promoter区域 选择Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写 寻找promoter区域 寻找promoter区域 /index.html 选择human 输入 ankh 选择Gene，点击 GeneID ENSG00000154122 点击左边的Export data 寻找promoter区域 5 Flanking sequence 输入2000 Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， deselect all 点击Next 寻找promoter区域 得到2000 bases 的核苷酸序列 寻找promoter区域 / 点击search product， 选择promoter clones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN 选择目的基因 寻找promoter区域 点击click here to view the promoter sequence 得到promoter信息 预测Transcription factor binding site 用Jaspar / 用PROMO http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库） http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html 用商业数据库TRANSFAC（要付费） /pub/databases.html/ 预测Transcription factor binding site / 点击JASPAR CORE vetebrata 左边转录因子选择MA0061.1?NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击SCAN 结果得到5个 Transcription factor binding site， 其中Strand -1没有特殊意义，另外三个GGGAAATACC得分最高? 预测Transcription factor binding site http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/pr