构建系统发育树的方法.pptx

系统发育树构建赵慧16SrRNA片段获取细菌培养液DNA提取基因组DNAPCR扩增16SrRNA测序序列比对1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到的两条序列进行组装连接SeqMan使用方法：1.打开软件如图2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列（带有图的）3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击Contig14.得到下图，减掉两端不好的序列，点击Contig，再点击save consensus ，保存。NCBI比对5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对6.Blast DAN7.输入组装的DNA序列8.选择相似的菌种9.下载FASTA格式10.MEGA7比对1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from file----选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式）----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式）构建发育树再点击phylogency----construct/test neighbor- jioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默认，点击compute得到系统发育树谢谢