如何找同源基因并用DNAman比对序列资料.pptVIP

Zakery 2016年5月26日 如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列 首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice) 点击BLAST search 在target type中选择proteome，把氨基酸序列复制到BLAST框中，点GO 这是结果，得分越高说明同源性越高 点击第一个前面字母G，得到如图可以看到CDS sequence和Peptide equence 把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名） 接下来就是用DNAman分析了 选择输入序列 选择序列文件所在位置 注意输入的序列是DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步 选项不需要修改,默认就行 选项不需要修改,默认就行 选项不需要修改,默认就行 注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它. 序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记 这是去除后的序列情况 点击这个按钮,出现下拉菜单 保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素 前面软件演示所用的序列比对后做出来的图 注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp长度的标记,因此在所获得的图中,会在尾部出现N多个点,不影响图片的质量与美观!