多序列比对结果美化作图.pptxVIP

生物信息培训系列之多序列比对结果美化作图--生物技术研究中心晁江涛目录一、常用着色工具二、作图效果展示三、Texshade 工具 四、输入数据格式五、常用参数设置一、常用着色工具SeqLogo/WebLogo，自动分配颜色GeneDoc，手动分配颜色Boxshade，仅黑白模式Esprint,Texshade，黑白模式/彩色模式其中texshade最为灵活，也是最不容易入门上手的注意事项：每种多序列比对软件，做出的结果都可能不同，影响因素有软件版本、参数、使用的模型等目录一、常用着色工具二、作图效果展示三、Texshade 工具 四、输入数据格式五、常用参数设置二、作图效果展示Web LogosBoxshadeGeneDOCWebLogo效果(90..120)Image Format: GIF/PNG/PS/PDFLogoSize/logo.cgi/logo.cgihttp://www.cbs.dtu.dk/biotools/Seq2Logo-1.0/BoxShade效果/software/BOX_form.html/software/BOX_form.html特点：只支持黑白效果，可选参数少，操作简单Output format/font size/consensus line / input formatGeneDoc效果显示模式有：Conserved/Quantified/Properties/Physiochemical/ Identities/Summary viewConservedQuantifiedPhysiochemicalPropertiesResidue differencesIdentitiesSummary View目录一、常用着色工具二、作图效果展示三、Texshade 工具 四、输入数据格式五、常用参数设置三、Texshade工具3.1 texshade环境搭建3.2 作图效果与代码展示3.1 Texshade环境搭建准备工作（安装顺序如下，变化容易出问题）1. CTeX_64.exeLaTex工具中文版2. texmaker4.4.1LaTex编辑器3. texshade.zip为核苷酸/蛋白多序列比对着色Ctex的安装CTeX共有5个组件MiKTeX,CTeX宏包管理工具CTeX Addons，这里用不到Ghostscript, 产生图形文件的工具Gsview,查看图形文件的工具WinEdt, tex文件编辑器，收费的这里不安装。其余步骤默认安装即可，我默认安装在C盘。texmaker的安装全部默认安装即可，只有点击“选项”-“配置Texmaker”红色框中的内容，需要依据Ctex的安装路径进行修改蓝色框中的路径，是查看PDF工具做在目录texshade的编译及安装cmd.Exe的路径为c:\windows\system32\cmd.exe 在桌面建立cmd的快捷方式 ，将它复制到texshade目录Texshade宏测试打开texmaker软件，新建test.tex文件代码如下： 点击\documentclass[12pt]{article}\usepackage{texshade}\begin{document}\begin{texshade}{D:/texshade/AQPpro.MSF}\end{texshade}\end{document}如果不出错，可以出现一个PDF文件，就说明texshade配置正确。 3.2 作图效果与代码展示3.2.1 Shading modes3.2.2 Bar graphs3.2.3 Secondary structures3.2.4 Sequence fingerprints3.2.5 Sequence logos3.2.6 Subfamily logos3.2.1 shading modesIdentical modeSimilar modeT-coffee modeDiverse modeFunctional mode1. identity mode2. similar mode3. T-coffee mode4. diverse mode5. functional modeChargeHydrophobicStructureChemicalRasmolStandard areaAccessible area① chargecharge② hydropathy③ structure④ chemical⑤ rasmol⑥ standard area⑦ accessible area3.2.2 Bar graphs3.2.3 Secondary structure3.2.4 Sequence fingerprints3.2