基因组印记与研究方法_培训课件.ppt

* Back * 定向染色体易位可以产生和罗伯逊易位相似的结果。可以在目的染色体区域定向产生插入、缺失、重复、相互易位。 利用Cre– loxP重组酶系统进行基因打靶将染色体重排引入目的区域。 * * 5.2 转基因技术研究印记控制区和控制元件 小转基因载体研究印记的缺点：有时不能包括基因调控元件；易受染色体位置效应影响。 YAC、 BAC、PAC等大的转基因载体容量大、拷贝数少，更能精确的表现目的基因的表达模式和表达水平。 确定印记区域和印记区域内的印记调控元件。 * YAC: 500-600kb BAC: 300kb PAC：P1-derived artificial chromosomes 300kb * * Back * ES细胞是囊胚内细胞团（ICM）的细胞培养物，ICM产生胚胎和胎盘的羊膜、卵黄囊、尿囊部分。囊胚注射实验表明ES细胞和ICM相似，但是二者不同。ES细胞可以被认为是ICM细胞：在体外外源性因子作用下，被停止在未分化的状态的某个细胞周期。 * * * *  gene gene gene gene CTCF * 5.1.4 利用ES细胞 ES细胞可用来研究基因组印记A ：是双倍体可以只含有母本或父本的两条染色体或染色体片段的单亲重叠。 B : retain imprints as assessed by the developmental potential of chimeras. C ：除了能提供体内嵌合体生产系统外还提供了一个未发育的胚体生产的未分化的体外分化系统。 D ：可以提供大量的细胞材料如进行染色质DNA的研究。 但是他们的分化和无限的分裂能力会导致表观遗传的改变。 * 5.3 Methylation-Sensitive Genome Scanning 一般印记domain内存在parental-allele-specific CpG methylation. 所以寻找亲本等位基因特异性CpG甲基化有助于寻找印记基因。 RLGS:restriction landmark genome scanning * 5.4 实验验证印记基因的印记状况 一般有以下两种途径： 同一个基因在不同品系间有差异，进行种间互交。一般在小鼠上常用。 利用SNPs，不同个体间存在等位基因间的差异，然后这些个体进行杂交。利用杂交后代。 * 5.5 利用生物信息学方法预测印记基因 一般从DNA序列特征分析： 重复元件 转录因子结合位点 CpG岛 * 重复元件： 一个基因侧翼的重复元件的数量、类型、相对方向对预测一个基因是否是印记基因非常重要。 有研究表明印记基因侧翼有低密度的短散布转座元件，这些元件的方向具有更重要的作用。 * 转录因子结合位点： 如：SRF（serum response factor）、NFuE1、AP2 有些元件对于预测亲本优先表达上具有重要意义：基因上游LINEL1的相对方向、下游的LINE L1ME 的方向 、上游的MaLR 、LTRs的方向等等。 * 5.6 分析印记基因的甲基化、乙酰化 PCR 重亚硫酸盐方法 在重组DNA中体外甲基化某些区域 确定甲基化敏感性-DNA结合蛋白 * * * * 基因组印记与研究方法 报告人 : cgl 2006年10月17日 * 主要内容 1 基因组印记与印记基因 2 印记基因的特征 3 可能的印记机制 4 基因组印记与疾病 5 基因组印记研究方法 * 1 基因组印记与印记基因 1 Genomic imprinting is a phenomenon in which alleles of a gene are expressed differentially depending on their parental origin. Those whose expression is dependent on the parental origin of