《生物计算技术》第4章多重序列比对分析2006.pptVIP

sc s1 s2 … sk HMM的三个经典问题: Biocomputing technology— Multiple sequence alignment 问题1（评测问题，evaluation）：已知模型 和输出序列O，求由 生成O的概率。 问题2（译解问题，decoding）：已知模型 和输出序列O，求最有可能生成O的状态 转移序列。 问题3（学习问题，learning）：已知模型 和输出序列O，求最有可能生成O时模型 的参数。 Profile——概形、谱 Biocomputing technology— Multiple sequence alignment * 概形是对一组序列进行全局多重比对时被发现的,是将比对 中具有较高保守区域变成小的多重比对,然后得到多重比对 记分矩阵. * 概形由更像小的多重排列的列构成,可以包括: 匹配、失配、 插入、缺失. * 概形一旦生成,就可用于寻找一个可能与之匹配的目标序列, 它利用表中记分来评价每个位置的可能性. 例: 25个氨基酸长的概形表格,有25列,每列将有20个记分值.一列中每个匹配氨基酸的记分都在概形中对应的位置上. 缺点：偏向性 Profile HMM (1) 模型结构 Biocomputing technology— Multiple sequence alig