基于质谱的蛋白质组学技术在微生物鉴定中的应用-仪器信息网.docVIP

基于质谱的蛋白质组学技术在微生物鉴定中的应用 Application of Proteomics based on Mass Spectrum in the microorganism identification / classification 文/马庆伟 程肖蕊 博扬生命科技有限公司 电话：010－；E-mail：maqw1977@ 微生物这类非常微小而又种类繁多的生物与我们的生活息息相关腐败菌、有益菌及环境微生物微生物的多样性为全球制药产业、环境治理、食品工业以及生物技术的发展提供了丰富的资源储备，同时也对人类的健康构成极大的威胁，所以快速、准确鉴定微生物日益成为临床、环境和工业领域的迫切需要，各个国家从来都是不遗余力的在建立、健全菌种资源保存库的同时，积极研究开发快速、准确鉴定微生物身份的新技术和新方法，致力于建立健全微生物资源保存库和鉴定标准库，在临床上为传染病的快速筛查、检测、分离、鉴定、追踪、预警、治疗和预后具有重要意义。目前，尽管微生物鉴定系统实现了鉴定过程的规范化和程序化，将微生物对底物的生化类型与已建立数据库类型相比较来鉴定微生物，但其反应准确性受接种物浓度、孵育条件和试验解释等的影响。自20世纪80～90年代以来，微生物鉴定系统不断发展，自动化程度不断提高，尤其是质谱技术在微生物研究领域的介入，使得微生物鉴定达到了快速、准确、大规模、高通量的水平。微生物传统的鉴定方法是建立在微生物的形态学、生态学、细胞生理和生化以及基因的基础上的，主要包括以下几类： 该法检测微生物实际上是测定微生物特异性酶。由于各种微生物所具有的酶系统不完全相同，对许多物质的分解能力亦不一致。因此可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无，从而达到检测特定微生物的目的。 2.免疫学技术 免疫学技术是利用特异性抗原抗体反应，观察和研究组织细胞、特定抗原(抗体)的定性和定量技术。各种形式的免疫分析方法如放射免疫分析(RIA)、酶联免疫分析(EIA)、间接酶联免疫吸附(ELISA)、荧光免疫分析(FIA)、生物发光免疫分析(BIA)、化学发光免疫分析(CIA)等，直接检测微生物或通过间接检测微生物的成份及微生物代谢产物(如毒素)检出微生物。各大文献数据库提供的数据显示，几乎建立了所有病原体的血清学检测方法，表明该方法也成为了一种实验室常用的成熟的检测技术。 3.分子生物学及分子遗传学方法 分子生物学及分子遗传学学科的发展，使人们对微生物的认识逐渐从外部结构特征转向内部基因结构特征，微生物的检测也相应的从生化、免疫方法转向基因水平的检测。主要有核酸的碱基组成如DNA中G+C mol%含量测定等，核酸的分子杂交如DNA-DNA/rRNA杂交分析、核酸分子探针杂交等，限制性酶切片段长度多态性分析（RFLP），电泳核型（EK）分析，随机扩增多态性DNA（RAPD）分析，rDNA序列分析，多位点酶电泳（mutilocus enzyme electrophoresis, MEE），16srDNA 、18SrDNA、26SrDNA D1/D2测序鉴定分析等，分子生物学与免疫学相结合的方法则有免疫PCR和PCR-ELISA等。 4.生物传感器 生物传感器是将新兴的传感器技术和分子诊断技术相结合而成的一种新技术。由于生物传感器检测准确、操作简便等特点，近年来已经在许多领域取得了很大的进展，在生物分子相互作用、药物筛选、临床诊断、食物检测等领域获得了广泛的应用。其中临床中用于病原体检测的以DNA生物传感器最为常见。色谱技术化学分析手段为基础的化学分类。目前，用于微生物鉴定系统的自动化仪器一般可以分为两大类，一类是根据表型（主要指新陈代谢途径）来鉴定，另一大类是根据基因来鉴定（现在比较流行的是根据16sRNA的基因来分类鉴定）。根据表型鉴定原理来提供微生物鉴定系统的公司主要有比较著名的法国梅里埃，美国BiologSherlock等，根据基因鉴定原理提供产品的公司有美国的杜邦公司和美国应用生物系统公司，比较成功的例子见表1。2004年美国药典分析微生物学专家委员会Scott V.W.Sutton等人对各种微生物鉴定技术做了比较和评论见表2。从表2可以看出，由曼彻斯特都市大学和NTTC共同开发MALDI TOF MS plus MicrobeLynx系统建立的数据库规模包括有大约3500个光谱条目，覆盖100余个属400余种，该结果表明，MALDI -TOF MS介入微生物鉴定系统的优势和所取得的卓越成果已初露端倪。 表1 微生物鉴定系统及其反应原理 系统反应 分析 阳性结果显示 系统例子 pH基础反应（多为15～24hr） 碳源利用 pH指示剂颜色变化；碳源产酸、氮源产碱 API;Crystal;VITEK;Micro Scan 酶