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第二章 核酸的结构与功能 长期以来,人们一直相信所有的酶都是蛋白质,1981-1982年,Cech和Altman各自独立地发现RNA具有生物催化功能,取名为ribozyme(核酶),这打破了蛋白质对生物催化剂的一统天下,极大促进了有关生命起源、生物进化等生物学中带根本性问题的进一步研究。 1985 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(Polymerade chain reaction,PCR),这是一种体外扩增DNA的酶促反应技术,又称PCR扩增。 PCR技术的问世,极大地方便了DNA的克隆、鉴定及应用,因此在很短时间内迅速进入生命科学、医学、遗传工程、法医学、考古学等各个领域,并显示巨大的优越性。目前生命科学研究进入后基因时代,更是离不开对核酸的深入广泛研究。 核酸可分成两大类,含有核糖的称核糖核酸(RNA), 含有脱氧核糖的称脱氧核糖核酸(DNA)。DNA主要分布在细胞核,储存并携带遗传信息。决定细胞和个体的基因型;RNA主要分布在细胞质中,负责遗传信息的表达,参与体内蛋白质的生物合成;所有生物细胞都含有这两类核酸。 对于病毒来说,要么只含有DNA,要么只含有RNA,还未发现既含有DNA又含有RNA的病毒。 第一节 核酸的化学组成 一、 碱基、戊糖与核苷 (一)碱基 核酸中的碱基有两类:嘌呤碱和嘧啶碱。常见的嘌呤碱有腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),它们是嘌呤的衍生物。嘧啶碱基有胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)及胸腺嘧啶(T),都是嘧啶的衍生物。 两类核酸所含的主要碱基都是4种,所含的两种嘌呤碱完全相同,即腺嘌呤和鸟嘌呤。但所含的嘧啶碱有所不同,RNA主要含有胞嘧啶和尿嘧啶,大多数DNA也含胞嘧啶,但不含尿嘧啶。见表。 除上述五种碱基外, 在一些核酸中还存在少量其他修饰碱基,也称为稀有碱基。其中大多数是碱基的甲基化产物或衍生物。tRNA中的修饰碱基种类较多,如次黄嘌呤、二氢尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶(胸腺嘧啶)、4-硫尿嘧啶等。 (二)戊糖 RNA和DNA是因所含的戊糖不同而分类的。RNA中的戊糖是D-核糖,DNA中的戊糖是D-2-脱氧核糖,某些RNA中含少量的甲基化核糖。核酸分子中的戊糖都是β-D-型。 (三)核苷 核苷是碱基与戊糖生成的糖苷,即戊糖的第1位碳原子(C1)分别与嘌呤碱的第9位氮原子N9或嘧啶碱的第1位氮原子N1相连。所以糖与碱基之间的连接键是N-C糖苷键。在tRNA中存在少量5-核糖尿嘧啶,其C1是与尿嘧啶的第5位碳原子以C-C键连接而成的,因为连接方式特殊,也称为假尿苷。 因为所含戊糖不同,核苷分为核糖核苷,用单字符号A、G、C、U表示; 脱氧核苷,在单字符号前加一小写的d,如dA、dG、dC、dT。常见的修饰核苷有:二氢尿苷D,假尿苷ψ,次黄苷或肌苷I,黄嘌呤核苷X。 二、 核苷酸 (一)核苷酸的结构 核苷酸是核苷的戊糖上羟基与磷酸形成的酯。核苷酸的核糖有3个自由的羟基(2′,3′,5′),所以可分别生成2′-,3′-,和5′-核苷酸。脱氧核糖上只有2个自由羟基,相应的脱氧核苷只能生成3′-和5′-脱氧核苷酸。体内的游离核苷酸多为5′-核苷酸,常在其单字符号后添上MP表示单核苷酸,如AMP,GMP,dTMP等。 单核苷酸可以在5′位上进一步磷酸化产生5′-二磷酸核苷和5′-三磷酸核苷。如生物体内的腺苷酸AMP可与一分子磷酸结合成腺苷二磷酸(ADP),ADP再与一分子磷酸结合成腺苷三磷酸(ATP)(图)。其他单核苷酸可以和腺苷酸一样磷酸化,产生相应的二磷酸或三磷酸化合物。 (二)核苷酸的功能 在体内,核苷三磷酸作为核酸生物合成的原料,此还外在生物体内的能量代谢中起着重要的作用。其中ATP在所有代谢途径化学能的贮藏和利用中起着关键的作用,称生物的能量“通用货币”。另外ATP还可作为淀粉生物合成中葡萄糖的载体。其他核苷三磷酸还参与特定的代谢过程,如UTP作为葡萄糖载体参与糖原的合成,CTP参加磷脂的合成,GTP参加蛋白质和嘌呤的合成等。 图4-1 核苷酸及其磷酸化合物图 4-2 cAMP的结构式 腺苷酸还与维生素PP(尼克酰胺)形成辅酶Ⅰ(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸)和辅酶Ⅱ(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸),它们在生物氧化中起传递氢的作用。腺苷酸还与黄素形成黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD),分子的一半是腺嘌呤二核苷酸,另一半是磷酸核黄素,又称黄素单核苷酸(FMN)。FAD和FMN也是在生物氧化系统中起传递氢的作用。辅酶A分子中也包含腺苷酸结构,还有泛酸,即水溶性B族维生素,以及氨基乙硫醇(H2N-CH2-CH2-SH),后者部分的硫基(-SH)是辅酶A作为酰基载体参与多种反应的一个重要基团,因此,辅酶A常用HSCoA表示。 ATP在腺苷酸环化酶的作用下可以生成3′,5′-环状腺苷酸(c
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