沈萍微生物学第十二章讲义.ppt

序：进化的概念：两种分类原则：第一节 进化的测量指征 一，进化指征的选择 二，rRNA作为进化指征 16SrRNA 特点 微生物分类学 一，分类单元及等级 界 Kingdom原核生物界门 phylum细菌门纲 class真细菌纲目 order放线菌目科 family分支杆菌科属 genus分支杆菌属种 species结核分支杆菌 种的概念 微生物的学名 双名法 双名法的实例 三名法 有关学名的其他知识 有关学名的其他知识 有关学名的其他知识 亚种以下的几个分类名词 菌株（品系） 第三节 微生物分类鉴定的特征和技术 分类依据: 一、形态特征（个体和群体）细胞形态：形状、大小、排列、染色反应等。培养：固体— 菌落，半固体— 穿刺，液体。 二、生理生化反应营养要求：碳源、氮源、营养类型代谢产物：种类、产量、显色反应酶：产酶种类、反应特性 三、其他血清学反应 血清学试验与噬菌体分型 近年又发展了红外光谱，gc含量，dna杂交等。生态学特征相互关系、宿主种类、与氧关系等。  四、氨基酸和蛋白质分析 五、核酸的碱基组成和分子杂交某一特定种的DNA碱基组成是恒定的。GC含量以碱基全部克分子中G和C的摩尔百分数表示：G + CG +C +A +T DNA杂交法：第四节微生物的快速鉴定和自动化分析技术 一、微量多项试验鉴定系统 1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统 2、Enterotube 系统 3、Biolog全自动或手动细菌鉴定系统在96孔的细菌培养板上检测微生物对不同发酵性碳源利用情况进行的分类鉴定。 （一）经典分类法 （二）数值分类法 是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。 至少50－60个性状以上 同等重要 只能划分到类群 方法步骤 根据较多特征分类，每一特征地位相同。1、每一菌株为一操作单位，确定很多特征（50—60 个） 2、比较菌株间的最大相似性阳性和阴性符合的总和---------------------------------× 100%总的测定数 --- 无效测定数85%为同种，65%为同属 3、据数值绘出矩阵图并转换成树状谱。 （三）分子与遗传方法 1、DNA碱基组成：G+C%相同不能说明是同种，但不同则肯定不是同种。差别10%不是同种，10%可能是同种。 2、核酸分子杂交比较碱基顺序的同源性 3、16s rRNA寡核苷酸编目分析 水解rRNA产生一系列寡核苷酸片段，顺序分析。近年来，采用红外、核磁、电镜等新技术越来越广泛。 四、分类系统 原核生物：《伯杰氏系统细菌学手册》第1版，1984－－1989 《伯杰氏系统细菌学手册》第2版， 分为5卷 古生菌域 泉古生菌门广古生菌门2门8纲－－－208个种 细菌域23门31纲－－4727个种（沈萍）（周德庆）最新资料（沈萍第四版微生物学实验） 已记载描述： 古生菌 520种；细菌 19858种； 真核生物 120336种 国际承认：古生菌、细菌、放线菌 为7329种，442个亚种 分属58纲，81目，1399属 真菌：ainsworth (1983)系统粘菌门 菌物界鞭毛菌亚门接合菌亚门真菌门 子囊菌亚门担子菌亚门半知菌亚门 第八版 1995年原生生物界真核假菌界 卵菌类 生物域子囊菌门、担子菌门真菌界 壶菌门、接合菌门有丝孢真菌类 酵母：lodder分类系统 菌种鉴定工作三部曲1、获得该微生物的纯培养2、测定一系列必要的鉴定指标3、查找权威性鉴定手册 API—细菌鉴定系统不同培养基分装不同小槽中，同步接种，培养后检测、查表、鉴定。 自动化、快速可鉴定细菌有1140多种、酵母菌267种、目前已经可用于丝状真菌。 每个孔中含有不同的底物 菌悬液或无菌水 将形态、结构特征作为初步特征，再比较生理、生化特征，采用双歧法整理结果，进行分类。 重要的G-细菌 1－11组 G+细菌12－17组 光合菌、蓝细菌、古细菌等 18－25组 放线菌26－33 组* * 第十二章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定 * * 16S rRNA特点： 1、16SrRNA存在于所有生物中并执行相同的功能—合成蛋白质。 2、 进化相对保守，分子序列变化缓慢； 3、相对分子质量适中； 4、16S rRNA普遍存在（真核生物为18SrRNA)； 5、微生物的16S rRNA可从样品中直接提取，分析、比较其序列，进而确定其家族树中位置 全生命系统树－－ (Olsen Woese 1993) 三，三界生物的主要特征