第二讲 蛋白质的基本组件课件.ppt

关于肽键与肽的下列描述，哪些是正确的：( ) A, 肽键具有部分双键性质 B, 是核酸分子中的基本结构键 C, 含两个肽键的肽称三肽 D, 肽链水解下来的氨基酸称氨基酸残基 E, 蛋白质的肽链也叫寡肽 肽键与多肽 一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基脱水缩合形成的共价连接称为肽键(peptide bond)。20种氨基酸在蛋白质中是通过肽键连接在一起的。 多个氨基酸通过肽键连接在一起构成多肽链(polypeptide chain)。 寡肽：含有 10 个左右氨基酸残基(如二肽、五肽、八肽) 多肽：含 10－20 个氨基酸残基 蛋白质：含几十个到数千个氨基酸残基 六、肽单位与肽链 NH2 COOH 1 NH2 COOH 2 NH2 C N COOH O H 2 1 两个氨基酸分子头尾连接起來 肽键的形成 脫水 碳化二亚胺 Carbodiimide N C C ? ? H N C ● 肽键虽是单键却具有局部双键性质 O ● 肽键周边六个原子在同一平面上 ● 前后两个氨基酸的?-carbon在对角 (trans) C 肽键的特性 sp2 sp2 肽键不能旋转，具有反式(trans)和顺式(cis)两种构型 在反式构型中，相邻C?原子之间有0.38nm的距离，而在顺式中只有0.32nm。因而在顺式肽构型中原子间的推斥力较大，能量上处于不利状态，其稳定性只有反式肽的千分之一。脯氨酸由于其具有特殊结构，由它的氨端形成的顺式肽键与反式肽键的比为1 : 4。因此，非脯氨酸顺式肽键在天然蛋白质中很少出现，频率仅为0.05%，出现者大多位于结构或活性重要部位。 为何肽键 (-C-N-) 具有双键性质？ 氮原子上面有一对 lone pair 电子，是以 p 轨道绕行在平面的上下两边；而 –C=O 的双键，是碳与氧原子的两对 p 轨道所形成。因此在 O=C-N 上总共有三个 p 轨道，有时碳与氮的 p 轨道会混在一起，形成短暂的双键；也可以把这三个 p 轨道的电子，一起混成为一个类似共振的综合轨道，使得肽键具有双键的性质。如此混成所形成的双键，造成肽键无法自由转动，也就是说肽平面所包含的六个原子，必须平躺在同一平面上，它们具有确定的键长和键角，是多肽链中的刚性结构，称为肽单位(peptide unit)，也叫肽键平面。有序连接的肽单位就是多肽链的主链。因此，从结构上看，肽单位和侧链基团是蛋白质分子的基本建筑模块。 p 轨道电子共振使 肽键具双键特性 H C C N C O 两个肽键平面的交接点为 a-碳 以肽键平面连接成多肽长链 注意 a-碳上面接有各种大小不等的基团 多肽链中由肽键连接的部分称为主链(main chain或backbone)，它在所有氨基酸中都是相同的；氨基酸在形成肽键后保留的部分称为氨基酸残基(amino acid residue)。氨基酸的侧链从主链的C?原子伸出。 一条肽链的两端有不同结构和性质： 一端的氨基酸残基带有游离氨基，称为氨基端或N端； 另一端的氨基酸残基带有游离羧基，称为羧基端或C端。 多肽链的构象 肽单位绕其所连接的两个共价单键C?－C?(C?为羰基中的C原子)和N－C?旋转是蛋白质分子主链仅有的自由度。肽单位围绕单键N－C?旋转形成的位置用?角描述；绕C?－C? 旋转形成的位置用 ?角描述。因此，一个蛋白质分子的主链构象可以用其所有组成氨基酸的一套(?，?)n角度值来定量表征。这一定量表述方法是基于立体化学中常用的扭角(torsion angle)或双面角(dihedral angle)系统。 (1)扭角(双面角) 由4个原子或基团组成的系统　　　　投影在与B－C键正交的平面上，A－B键投影与C－D键投影之间的夹角称为扭角。这角度也可视为A－B－C决定的平面与B－C－D决定的平面间的夹角，故也称为双面角。 扭角的量值区间是±180°。扭角系统既可用于定量描述蛋白质的主链构象，也可用于侧链构象。 (2)多肽链的构象角 在多肽链中，绕共价单键N－C?形成的扭角称为?角，绕单键C?－C?形成的扭角称为?角。一个氨基酸残基i特定构象可由一对(?i, ?i)来规定，它们各包含如下四原子体系：?i (Ci-1?, Ni , Ci?, Ci?); ?i (Ni , Ci?, Ci?, Ni+1)，其中，第二、三位原子间的共价键就是旋转的中心键。 R基团对二个酰胺平面旋转具有阻碍作用 形成氢键阻碍酰 胺平面的旋转 (3)拉氏构象图 将?作横座标，?作纵座标，可画出一个直方图，其平面上的任意一点就对应一对(?, ?)。将一条肽链所有组成氨基酸的(?i ,?i)值画在图上，就可用简明的解析方式定量表达一条多肽链的构象。印度人G. N. Ra