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蛋白质的分子结构The Molecular Structure of Protein 蛋白质结构分类 一级结构(primary structure)：氨基酸序列，肽键相连； 高级结构 二级结构(secondary structure)：蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构， α-螺旋 、β-折叠、β-转角和无规卷曲； 三级结构(tertiary structure):整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，主要靠次级键（疏水键、离子键、氢键和Van der Walls力维持）； 四级结构(quaternary structure):蛋白质分子中各个亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用（主要靠疏水键维持）； １)测定蛋白质分子中多肽链的数目 通过测定末端氨基酸残基的摩尔数与蛋白质分子量之间的关系，即可确定多肽链的数目。 B.丹磺酰氯法 在碱性条件下，丹磺酰氯（二甲氨基萘磺酰氯）可以与N-端氨基酸的游离氨基作用，得到丹磺酰-氨基酸。此法的优点是丹磺酰-氨基酸有很强的荧光性质，检测灵敏度可以达到1?10-9mol。 C. 氨肽酶法 氨肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的N-端逐个的向里水解。根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，按反应时间和氨基酸残基释放量作动力学曲线，从而知道蛋白质的N-末端残基顺序。 最常用的氨肽酶是亮氨酸氨肽酶，水解以亮氨酸残基为N-末端的肽键速度最大。 ②羧肽酶法 羧肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的C-端逐个的水解。根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，从而知道蛋白质的C-末端残基顺序。 目前常用的羧肽酶有四种：A,B,C和Y；A和B来自胰脏；C来自柑桔叶；Y来自面包酵母。羧肽酶A能水解除Pro，Arg和Lys以外的所有C-末端氨基酸残基；B只能水解以碱性AA（Arg和Lys）为C-末端残基的肽键。 6）多肽的选择性降解 几种蛋白水解酶（内肽酶）的专一性 胰蛋白酶：只裂解Lys或Arg羧基所形成的肽键； 糜蛋白酶：只断裂Pro、Trp和Tyr等疏水氨基酸的羧基参与形成的肽键； 胃蛋白酶：要求被断裂两侧的残基都是疏水性氨基酸如：Phe； 嗜热菌蛋白酶：是一个含锌和钙的蛋白酶。用于断裂较短的多肽链或大肽链； 金黄色葡萄球菌蛋白酶（Glu蛋白酶）：在谷氨酸残基和天冬氨酸残基的羧基侧断裂肽键等； 梭状芽孢杆菌蛋白酶（Arg蛋白酶）：专门裂解精氨酸残基的羧基所形成的肽键。 Edman降解法：用一种特殊试剂（异硫氰酸苯脂）标记N端氨基酸，然后用酸除去这标记过的氨基酸，产生新的N端。依次用上述方法再标记，再除去新末端氨基酸，并加以鉴定。反复多次直到整个肽链完毕，测得肽链的氨基酸排列顺序。 1）构型与构象 构型(configuration)：指在立体异构体中取代原子或基团在空间的取向；如一个碳原子和四个不同的基团相连时，只可能有两种的空间排布，两种不同空间排列称为不同的构型；这两种构型如果没有共价键的破裂是不能互变的。 构象（conformation）：指这些取代基团当单键旋转时可能形成的不同立体结构。如两个甲基的C-C单键完全可以自由旋转，将产生无数种分子构象。这空间位置的改变并不涉及共价键的破裂。 X射线衍射法（X-ray diffraction)：测定蛋白质晶体结构（蛋白质晶体学），研究蛋白质的空间结构。单晶X-射线衍射法能够提供完整和精确的结构信息，可以给出分子里几乎所有原子的位置和热运动参数。 核磁共振（nuclear magnetic resonance,NMR)光谱法：测定蛋白质分子中哪个氨基酸残基发生构象变化；核磁共振是以组成蛋白质的最基本元素：C, N, H,O等原子的原子核为探针检测蛋白质的结构信息。 这两种方法是研究蛋白质三维空间结构最准确的方法。 圆二色谱（circular dichroism,CD)：测定a-螺旋和β-折叠片的含量；通过圆二色的测定和计算可以了解生物大分子在溶液状态的二级结构 ； 紫外-可见差光谱(UV-VIS Difference Spectrum)由于芳香族氨基酸侧链（酪氨酸、色氨酸、其次是苯丙氨酸）吸收光的结果。通过这些氨基酸的环境来推断蛋白质分子的构象重要是在紫外区。 荧光探针法(Fluorescence Probe)荧光分析法具有灵敏度高，选择性强，用样量少和方法简便等优点。通过一些参数的分析，进行定量测定和推断分子在各个环境中的构象变化，使我们了解大分子结构与功能关系。 激光拉曼光谱：研究分子振动和转动光谱的重要手段，在搞清楚分子的成分和结构之后，研究结构和功能之间的关系显得非常重要。生物大分子的拉曼光谱，就蛋白质而言，可得到有关氨基酸组成、二级结构（如α-螺旋、β折叠、